尽管纯粹的套利本质上是一种无风险的策略，但配对交易（无论是相对价值套利还是StatArb）都涉及一定的风险，包括模型风险和执行风险。
模型风险
与几乎所有涉及风险的投资一样，交易者也面临模型风险：当用于创建策略模型没有按预期执行时发生的一种风险。这可能是由于从不准确的研究到有缺陷的逻辑或计算等多种因素造成的。例如，长期资本管理公司（Long Term Capital Management，LTCM）发生的一场名为“崩溃”的事件就是模型风险。
LTCM是由两位诺贝尔经济学奖获得者和华尔街交易员领衔的大型对冲基金。该公司基于复杂的计算机建模的主要策略是回归均值的方法，在买入“廉价”的证券并且做空“贵”的证券。因为他们正在寻找小的价格变动，杠杆是LTCM战略的一个关键组成部分。1998年初，该基金拥有50亿美元的股权，并借入了超过1250亿美元的杠杆系数30：1。LTCM相信这些头寸是非常相关的，因此风险最小。
在俄罗斯贬值卢布（其中LTCM在政府债券用了极高的杠杆）以及随后的大规模的资金转移，LTCM遭受了46亿美元的巨额损失，并有拖欠贷款的危险。这个基金最终被联邦储备委员会控制，以应对全球金融危机。
即使是最仔细执行的模型，由于不准确的研究，不合逻辑，不断变化的环境和意外的结果也可能是有缺陷的。
执行风险
这种类型的风险是另一个可能对成对交易的回报产生负面影响的因素。执行风险是指策略不按计划执行的可能性。例如，交易者可能会遇到价格滑落或者可能会收到部分订单，导致利润潜力下降。当交易者收到的订单价格低于预期的价格时，会出现滑点。例如，如果我们要买入股票ABC，目前的市场价格是50.15美元，那么我们可能的预期买入价就是这个价格。然而，由于滑点，我们可能会以50.25美元的价格买入，每股亏损10美分。
交易者也可能出现部分订单成交。当单笔订单（例如，股票ABC的1,000股）被分解并以不同的价格成交时，就会发生这种情况。这个特定的交易可能有500个股票在50.25美元，其他500个在50.35美元 - 或者根本没有股票可以成交。
特别是如果配对交易策略依赖于小的价格变动，则部分成交可能会对利润产生显著的负面影响。
配对交易是一个市场中性的策略，拥有几个优点：
控制风险
配对交易的中心思想是在相关或相关的工具中将多头头寸与空头头寸相匹配。这基本上创造了一个自动的对冲机制。以这种方式，风险在某种程度上受到控制。考虑一个例子，交易者在股票ABC上做空，在股票XYZ上做空双交易。由于两只股票是相关的，如果整个行业遭受打击，两只股票的价格可能会下跌。在这个例子中，多头头寸的持续亏损将通过空头头寸的获利来缓解。因此，尽管整个板块当天下跌，但由于与市场平均数的相关性较低，交易者的净头寸可能保持中性。
利润与市场的方向无关
对交易的另一个有吸引力的特点是无论市场是上涨还是下跌都有利可图。这是因为这个战略并不取决于市场的方向，而是取决于两者之间的关系。要说清楚的一点是，只有做多的交易者只有在上涨的市场才能获利 ，而空头的交易者在市场下跌时获利。对于一个配对交易者来说，市场的方向并不重要; 这两种工具的相对表现决定了每笔交易的盈利来源。
没有方向性风险
定向风险涉及价格走势的方向。例如，多头头寸面临股价下跌的风险。在配对交易中，第二种工具是对第一种工具的对冲，从而消除了定向风险。由于利润取决于两种工具之间价格变化的差异，而不是每个标的的价格异动方向，因此可以消除单向的风险。
较小的回撤
回撤是指，投资者的权益从最高峰滑落的区间。例如，如果一笔交易达的浮动利润达到1万美元，并且第二天下降到6,000美元，那么这将意味着4,000美元的回撤。虽然回撤并不一定决定这一笔交易的成功，但是管理回撤是非常重要的。此外，策略的最大预期回撤（基于历史建模）将决定交易者需要分配给特定策略的资金数量。例如，如果一个策略的最大亏损为5,000美元，那么我们至少需要获得5,000美元以填补损失。因为做错的仓位损失得到挣钱的仓位的利润的弥补，所以配对交易通常涉及较小的净回撤。
