RNAseq步骤
RNAseq建库使用:你要的单细胞全长转录本建库方案:smart-seq3来了 - 简书 (jianshu.com)
参考网站:RNAseq常规流程 - 简书 (jianshu.com)
1. 软件下载
SAMtools, bam-readcount,HISAT2,StringTie,gffcompare,htseqcount,TopHat,kallisto,FastQC,MultiQC,Picard,Flexbar,Regtools,RSeQC,Rlibraries,Bioconductor,nSleuth
2. 数据下载
参考网站:Aspera下载安装使用 - 简书 (jianshu.com)
1)先下载一个数据下载工具Aspera Connect
conda install -c hcc aspera-cli -y
ascp -h #测试是否下载成功,有帮助文档即下载成功
2)使用该工具下载数据
- 先查看这个数据的基本信息,在ENA数据库搜索框中输入SRX号,或者SRR号,点击experiment相关信息,可以看到这个样本的信息。library layout为single表示这个测序模式是单端测序。如果是paired则为双端测序。
进入ENA官网,输入待下载样本的SRR号,如SRR9102786.输入后点击进入该样本详细介绍页面。右上角小箭头是下拉选项,选择fastq-aspera。单击图中的SRR9101786.fastq.gz(click link to copy URL),即复制了该文件的下载链接。注:fastq文件:一般测序返回的数据以filename.fq.gz的文件格式储存。批量化下载请参考网站:使用aspera从EBI下载fastq数据 - BPSO_mynotes - 博客园 (cnblogs.com)