Linux 基本操作
1，Linux常识
（1）查看文件：
到目标目录下：
cat <<END >text.fa #用cat 创建文件 <<之后的字符串停止编辑文件， > 之后是给文件命名
cat text.fa # 适用于文件比较小的时候阅读，否则就会刷屏
less text.fa #比较推荐，查看后按q退出，不在命令界面留痕迹。
more text.fa #打印在命令行上。
head / tail text.fa #查看text.fa的首/尾
head / tail -n +k text.fa #较为常用，从头/尾查看到指定的K行，比如：矩阵，tail -n +2 text.fa , 就是我的矩阵有标题行，但是我想略过标题行。
faste文件格式：大于号 + 序列名称 后面才是序列
（2）常用操作
man + 命令 # 查看命令的介绍及其参数
ls -a #显示隐藏文件（这都可以用man ls 查看）
ls -lt #按时间进行排序 从新到旧
ls -ltr #从旧到新
pwd #获得当前路径
cd + 路径 #查找目标目录,后什么也不跟，就是回到家目录 . 代表当前目录 ..代表上一级
du -h README.txt #查看文件大小
ls -lsh README #也是查看文件大小
mkdir + 文件名称 #可以多加几个文件名，同时创建多个文件。
mkdir -p a/b #同时创建a文件夹及其子目录b
小技巧：在命令行界面，可以按ctrl + A 到命令行的开头， CTRL + E 则是到命令行结尾
文件上下翻转和左右翻转 ： tac: 文件翻转，第一行变为最后一行，第二行变为倒数第二行； rev 每列反转，第一个字符变为最后一个字符，第二个字符变为倒数第二个字符。
（3）linux下文件操作
1） 复制文件
cp filder1 filder2 ... target_dir # 将一个或多个源文件或者目录复制到已经存在的目标目录。
#常用的参数
-i #覆盖前先询问
-f #强制覆盖
-r #递归拷贝
-p #保留文件或目录的属性，主要是文件时间，因为有时候处理文件时还需要时间的先后
-b #备份复制，若目标文件存在，先备份之前的，再把新的覆盖过去
-u #更新复制，若源文件和目标文件都存在，只在源文件的修改时间比较新时才复制
2） 移动文件
mv filder target # 移动文件到目标文件夹
# 常用的参数
-f #强制覆盖
-i #覆盖前询问
mv 小技巧 :想给单个文件重命名的时候 ，可以使用 mv old_name new_name 。但是想给多个文件批量命名 可以使用 rename
- 创建软链接
rename 被替换的字符串 替换的字符串 文件 #可以用*批量替换文件 eg: rename text data *fa
4）ln(link)：给文件建立快捷方式（ln -s filder target ）
注意：在建立软连接时，原文件要使用绝对路径。如果希望软链可以让不同的用户访问，不要使用 ~。 建立软连接，是简化文件访问方式的一个办法。把其它文件夹下的文件链接到当前目录，使用时只需要写文件的名字就可以了，不需要再写长串的目录了
ln -s /home/lhg/data/text1 target dir #将text1在目标文件夹建立软链接
# 常用参数
-s #软链接
-f #强制链接（一般用于覆盖原有的软链接）
小技巧：每次输入绝对路径都很麻烦，怎么能简便呢？
pwd : 输出当前所在的目录 ，这地方要注意，要在文件所在目录下
``为键盘 Esc 下第一个按键 (与家目录 ~‘符号同一个键)，写在反引号内的命令会被运行，运行结果会放置在反引号所在的位置
ln -s `pwd`/text1 target dir #将text1在目标文件夹建立软链接的快捷方式
5） 删除命令
rm : 删除一个或多个文件和目录，也可以递归删除所有子目录，使用时一定要慎重。 rm 命令删除的文件很难恢复。 rm -rf /* ,千万不要执行这个命令！！！！！
rm -rf * #删除当前目录下的所有文件
# 常见参数
-f #强制删除
-i #删除前询问是否删除
-r #递归删除
5）文件压缩和文件解压(gzip , gunzip)
gzip filder #压缩filder文件，默认是将filder删除，然后生成filder.gz
gunzip filder #解压文件，同样也是删除filder.gz , 生成filder
gzip -c filder > filder.gz # 压缩文件，但是保留filder源文件
gunzip -c filder.gz > filder #解压文件，同样保留filder 文件
小诀窍 ：gunzip 可以记为滚zip包，即让zip包混蛋（解压）
6）对fasta格式文件的常用处理
wc(what count ) : 一般使用 wc -l 获取文件行数
wc -l data.fa #获取data.fa的行数
grep (对每一行进行模式匹配) ： 后跟字符串或正则表达式
grep '>' data.fa #匹配data.fa文件中'>'，返回序列的名称
#想统计序列数
grep '>' data.fa | wc -l # | 是管道符号，可以将上一步命令得到的结果传至下一命令
grep -c '>' data.fa #-c 参数 ，返回序列数而不返回序列名称
但是面对fasta文件末尾，有我们不想要的杂字符怎么办？
grep -v '不想要的内容' data.fa >data1.fa #-v 不输出匹配上的行,即data1.fa是清洁数据啦
6）对序列名的修改
有两种方式：
其一：sed ，是文件内容编辑工具，常用于替换、取得行号等操作。
sed 's/被替换的内容/替换内容/' data.fa #替换掉不想用的内容,打印在屏幕上
sed 's/被替换的内容/替换内容/' data.fa > data1.fa #不打印在屏幕上，输入在data1.fa里
sed -i 's/被替换的内容/替换内容/' data.fa #屏幕上没有输出，直接在源文件改
其二：cut , 更适合于矩阵操作，去除其中的一列或者多列。 由于FASTA 文件中序列里面是没有任何符号的，而如果名字比较长，则可以指定相应分隔符就行cut，这样既处理了名字，又保留了序列。
cut -f 1 -d ' ' data.fa #以空格为分隔符，保留第一列。
-f #指定取出哪一列，使用方法为-f 3 (取出第 2 列)， -f 3-5 (取出第 3-5 列)， -f 2,5 (取出第 2 和第 5 列)。注意不同符号之间的区别。
-d # 设定分隔符, 默认为 TAB 键。如果某一行没有指定的分隔符，整行都为第一列。
