行由品第一，顾名思义，是讲述六祖得法行由。六祖出身贫苦，目不识丁，“一闻金刚经，心即开悟”，初见五祖，就能说出“人虽有南北，佛性本无南北”的话，实是老天生就的上根利器，我等愚人羡慕不来的。五祖“恐有恶人害他，遂不与其言，乃令随众作务”，及至后来传顿教与衣钵，也是三更半夜，人尽不知；六祖得法南行，还有数百人来夺衣钵，可见佛门历来不是清静地，是非不比俗世少。
六祖舂米八月余，一日，五祖让门下弟子做偈以选法嗣。神秀做偈于南廊壁间，曰：身是菩提树，心如明镜台。时时勤拂拭，勿使惹尘埃。六祖紧随其后，也书偈于壁上曰：菩提本无树，明镜亦非台。本来无一物，何处惹尘埃。至此，神秀被六祖压着翻不身了。神秀之偈，身是有形之树，心是有相之台，虽时时勤拂拭，不染妄想尘劳，却未见空灵无相却无不是相的本性。六祖之偈，无身无相，无心无法，自性本空，何来颠倒妄想。六祖顿超直入，言下识自本心，见自本性，毕竟棋高一着，无怪乎五祖三更传法，为说金刚经。六祖更是大彻大悟：一切万法不离自性。自性是《坛经》的宗旨，明心见性是禅宗修行的目标。自性清净，不生灭，具足，无动摇，能生万法；亦是祖师东来之意。六祖上根利器，所说之法适用于最上乘人，可惜天下钝器居多，加之宋元之后，禅宗式微，学禅之人多师法神秀，禅定渐修，想来秀师能有些许安慰吧。
六组得法南行，前四品将军慧明最先赶上，拿不动衣钵，乃表明为法而来，非为衣钵。六组教他“屏息诸缘，勿生一念”，良久方问：“不思善，不思恶，正与么时，那个是明上座本来面目？”。慧明言下大悟，他悟到了什么呢，不知道。
六组离开猎人队伍，初到法性寺，一句“不是风动，不是幡动，仁者心动”震惊四座，也成了禅宗有名的公案。贾题韬居士对此的解释是时间可以无限的细分，在某个极细微的时间点上，风和幡几乎是不动的，如果你心不动，定于那个时间点上，你见到的风和幡就是不动的。风也动，幡也动，是因为你心动了，将所有的时间点连接起来了。道家的慧施说飞鸟之景，未尝动也，西方的芝诺说飞矢不动，都是同样的道理。心不动，风不动，幡不动，就达到了心境一如的境界，不管外境如何，我心如如不动，自然境随心转。王阳明曾说“你未看此花时，此花与汝心同归于寂。你来看此花时，则此花颜色一时明白起来，便知此花不在你的心外”，看明白花的颜色就是典型的心随境转，说白了，心跟花跑了。心境一如，心空境也空，“何其自性，本来清净”；心动则种种境现，“何其自性，能生万法”，总之，“一切万法不离自性”。
法性寺印宗法师问“黄梅付嘱？如何指授？”，六组答佛性是不二之法，见性是唯一目标，除此之外，皆为二法。佛性非常非无常，非善非不善，具体是什么不知道，但不能向外驰求，见性，说到底不过是自己认识自己。
