写在前面的碎碎念
最近在尝试Cricos这款优秀的可视化软件，但是在安装的时候有一些问题，记录一下。
首先我是conda的忠实用户，因此下载软件的第一反应就是去Bioconda看一看有没有对应的软件，因此我去搜了Circos，果然有，内心一度十分开心，心想又能省不少事情。
conda install -c bioconda circos -y
# 测试是否所有的module都安装好了
circos -module
# 所有都显示OK则成功
ok 0.39 Font::TTF::Font
ok 2.68 GD
ok 0.2 GD::Polyline
... ....
可是！
软件是安装成功了，但是当我Circos -module的时候提示缺少模块GD，绝望！因为GD模块是最难安装也是最耗时的，就连Circos官网上都有对它的吐槽Installing GD can be tricky, since it depends on your system's C libgd library, among others. Getting all the dependency ducks in a row ranges across the full scale of pain, from "wow that was fast" to "omg omg we're all going to die".没办法，安他！！经过我的不断探索和尝试（估计有10个小时），好不容易搞出来一套稳定安装成功GD模块的流程，激动的去Circos -module的时候，发现GD模块依旧missing！痛苦！你说Circos官网给个方案吧，他不！他偏偏说Any problem you encounter has likely been solved by others, so here's where a good Google will help.居然让我Google去查！
后来我一气之下舍弃了conda的一键安装，采用手动安装的方法，于是有了今天的博客。
特别说明：服务器上我是使用conda一键安装成功的（估计与导师配置的perl环境相关），因此也可以先用conda安装试试看。但是在我Windows的ubuntu系统中没有安装成功，后来手动安装成功了，以下是经过。
一、Circos的安装（手动安装版，不推荐）
wget http://www.circos.ca/distribution/circos-0.69-9.tgz
tar -zvxf circos-0.69-9.tgz
cd circos-0.69-9/bin/
./circos -module
虽然依旧有很多模块missing，但是最头疼的GD模块神奇的ok了，我估计是和我前面探索GD模块安装的时候有关。（前面的经过是我安装GD模块成功后，去Circos -module之后发现依旧缺少后，才用上述方法的，如果你也缺少GD模块，可以走一遍下面的代码，需要管路员权限的哦，但是我在ubuntu里面是我自己搞的，因此可以成功，如果你是在服务器上，那就不可以，因为管理员权限在老板手上呢）
sudo apt-get update
sudo apt-get install libgd-dev
sudo perl -MCPAN -e shell
#需要的时间巨久
install Bundle::CPAN
install GD::Graph
install GD
二、missing模块安装（除GD模块外，都可以采用下面的方法）
使用sudo赋予管理员权限安装，因为~/.cpan下面大多数文件夹没有写入权限，当然应该也可以使用chmod -R +x ~/.cpan对所有子文件赋予权限，不过我没有尝试可不可以
sudo cpan install Regexp::Common
install后面加上missing的模块即可。安装成功的标志/usr/bin/make install -- OK，或者直接Circos -module查看missing的模块有没有ok，以下是我missing的模块，不过都成功了
三、Circos测试
circos的运行代码统一为circos -conf 加配置文件名
cd ./example
../bin/circos -conf etc/circos.conf
四、Circos测试结果
在example文件夹下生成png和svg文件，如下，看是否缺少那个部分，尤其是文字部分，因为有的时候你的模块全部OK，也会出现显示不全的问题。
