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跟着Nat Commun学作图 | 4.配对箱线图+差异分析
今天要学习的图来自2021年10月29号发表在的Nature Communication上的一篇文章，题目是【新冠肺炎患者呼吸道菌群组成及其与宿主相互作用的临床研究】。今天先来复现其中的一幅配对箱线图。
Snipaste_2021-11-11_00-04-49
DOI:10.1038/s41467-021-26500-8
读图
Snipaste_2021-11-22_00-20-29
该图为患者使用药物(左侧，7例患者,14例样本)或机械通气(右侧，4例患者,8例样本)前后α多样性的患者内差异(检验方法：双侧Wilcoxon符号秩检验)。
示例数据及作图前准备
由于作者给开源的数据设置了权限，这里就对ggpubr自带的ToothGrowth数据集进行添加一列编号信息作为示例数据。
导入数据
# 导入数据并查看数据集格式
library(ggpubr)
data <- read.csv("test.csv")
head(data)
# id列用于配对
> head(data)
len supp id
1 4.2 VC 1
2 11.5 VC 2
3 7.3 VC 3
4 5.8 VC 4
5 6.4 VC 5
6 10.0 VC 6
绘制
ggpaired(data, x="supp", y="len", fill="supp",id = "id",
add="jitter",line.color = "gray", line.size = 0.4,
palette=c("#83B8D7","#354B99"),
xlab="my test",
ylab="supp", title = "supp-length",
legend.title="supp") +
# 秩和检验
stat_compare_means(method="wilcox", paired = T, comparisons=list(c("OJ", "VC"))) +
theme_bw() +
# 设置主次网格线
theme(panel.grid.major = element_line(colour = "gray97"),
panel.grid.minor = element_line(colour = "gray97")) +
# 设置轴标题和图标标题
theme(axis.title = element_text(face = "bold"),
plot.title = element_text(size = 14,
face = "bold"), legend.title = element_text(face = "bold"))
# 保存图片
ggsave(filename = "test.pdf", device="pdf", height=6, width=6, useDingbats=FALSE)
结果展示
Snipaste_2021-11-22_09-26-40
数据及代码
见原文：https://mp.weixin.qq.com/s/-t42ahh7yEeXCfxC0vnZsA
后记
关于更<u>详细的代码讲解、作者的原代码的一些细节以及我修改的地方</u>会在之后的视频教程中详细讲到，有兴趣的可以关注我的B站【木舟笔记】。
往期内容
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