参考
什么是 Android 签名机制，Bluebox Security 发现的漏洞有何威胁？
Android应用程序签名详解
Android Studio如何打包签名
一些恶意开发者会采用反编译重新编译的方法来给各种应用夹带私货然后偷偷上传到各个渠道等着小白鼠自己上钩，比如我反编译个QQ，加了个广告，忽悠到人装了……从此你的手机就各种弹广告你还不知道是哪个软件干的……起码普通用户是不会知道了，除非挨个儿卸载尝试。
但是这种做法有一个弊端（对于恶意开发者而言），恶意开发者一定拿不到QQ官方的签名文件，于是只能用自己的签名文件签名……然后用户如果之前安装过官方版本的QQ就会发现“签名不一致”的提示，各大应用市场也可以通过这种办法来鉴别（比如某荚提供的洗白白功能其实就是在对比签名），虽然还是会有人中招，但是也算是有应对之法。
一、概述
在Android 系统中，所有安装到系统的应用程序都必有一个数字证书，此数字证书用于标识应用程序的作者和在应用程序之间建立信任关系，Android系统要求每一个安装进系统的应用程序都是经过数字证书签名的，数字证书的私钥则保存在程序开发者的手中。
Android数字证书包含以下几个要点：
(1)所有的应用程序都必须有数字证书 ，Android系统不会安装一个没有数字证书的应用程序 (2)Android程序包使用的数字证书可以是自签名的，不需要一个权威的数字证书机构签名认证
(3)如果要正式发布 一个Android ，必须使用一个合适的私钥生成的数字证书来给程序签名 ，而不能使用adt插件或者ant工具生成的调试证书来发布。
(4)数字证书都是有有效期 的，Android只是在应用程序安装的时候才会检查证书的有效期。如果程序已经安装在系统中，即使证书过期也不会影响程序的正常功能。
(5)Android使用标准的java工具 Keytool and Jarsigner 来生成数字证书，并给应用程序包签名。
二、为什么我开发的Android应用程序没有做什么签名也能在模拟器和手机上运行？
你没有给Android应用程序签名并不代表Android应用程序没有被签名。为了方便我们开发调试程序，ADT会自动的使用debug密钥为应用程序签名。debug密钥？它在哪？debug密钥是一个名为debug.keystore的文件，它的位置： 系统盘符:/Documents and Settings/liufeng/.android/debug.keystore
“liufeng”对应于你自己的windows操作系统用户名，怎么样，是不是已经找到它了。这也就意味着，如果我们想拥有自己的签名，而不是让ADT帮我们签名的话，我们也要有一个属于自己的密钥文件（*.keystore）。
三、命令行方式
打包Android APK的方法有很多，命令行，或者Gradle，ANT，MAVEN等等，方法有很多。
1）准备工作
给apk签名一共要用到3个工具，或者说3个命令，分别是：keytool、jarsigner和zipalign，下面是对这3个工具的简单介绍：
1）keytool：生成数字证书，即密钥，也就是上面说到的扩展名为.keystore的那类文件；
2）jarsigner：使用数字证书给apk文件签名；
3）zipalign：对签名后的apk进行优化，提高与Android系统交互的效率(Android SDK1.6版本开始包含此工具)
从这3个工具的作用也可以看出，这3个工具的使用顺序。通常我们自己所开发的所有应用程序，都是使用同样的签名，即使用同一个数字证书，这就意味着：如果你是第一次做Android应用程序签名，上面的3个工具都将用到；但如果你已经有数字证书了，以后再给其它apk签名时，只需要用到jarsigner和zipalign就可以完成。
为了方便使用上面3个命令，首先需要将上面3个工具所在路径添加到环境变量path中（我说的是为了方便使用，没有说必须要这么做）。怎么配置环境变量就不在此讲解了，这里需要说一下这3个工具默认所在的路径：
1）keytool：该工具位于jdk安装路径的bin目录下；
2）jarsigner：该工具位于jdk安装路径的bin目录下；
3）zipalign：该工具位于android-sdk-windows/tools/目录下
不知道大家是否注意到keytool和jarsigner两个工具是jdk自带的，也就意味着生成数字证书和文件签名不是Android的专利；另外从字面上理解jarsigner也能猜得出该工具主要是用来给jar文件签名的。
2）生成未经签名的apk文件
既然我们要自己对apk进行签名，就不再需要ADT默认帮我们签名了。如何得到一个未经签名的apk文件呢？打开Eclipse，在Android工程名称上点击右键，依次选择“Android Tools” - “Export Unsigned Application Package ...”，然后选择一个存储位置保存即可。这样就得到了一个未经签名的apk文件。
3）使用keytool工具生成数字证书
keytool -genkey -v -keystore liufeng.keystore -alias liufeng.keystore -keyalg RSA -validity 20000
说明：
1）keytool是工具名称，-genkey意味着执行的是生成数字证书操作，-v表示将生成证书的详细信息打印出来，显示在dos窗口中；
2）-keystore liufeng.keystore 表示生成的数字证书的文件名为“liufeng.keystore”；
3）-alias liufeng.keystore 表示证书的别名为“liufeng.keystore”，当然可以不和上面的文件名一样；
4）-keyalg RSA 表示生成密钥文件所采用的算法为RSA；
5）-validity 20000 表示该数字证书的有效期为20000天，意味着20000天之后该证书将失效
在执行上面的命令生成数字证书文件时，会提示你输入一些信息，包括证书的密码，示例如下：
4）使用jarsigner工具为Android应用程序签名
jarsigner -verbose -keystore liufeng.keystore -signedjar notepad_signed.apk notepad.apk liufeng.keystore
说明：
1）jarsigner是工具名称，-verbose表示将签名过程中的详细信息打印出来，显示在dos窗口中；
2）-keystore liufeng.keystore 表示签名所使用的数字证书所在位置，这里没有写路径，表示在当前目录下；
3）-signedjar notepad_signed.apk notepad.apk 表示给notepad.apk文件签名，签名后的文件名称为notepad_signed.apk；
4）最后面的liufeng.keystore 表示证书的别名，对应于生成数字证书时-alias参数后面的名称
5）使用zipalign工具优化已签名的apk（非必须但建议这么做）
zipalign -v 4 notepad_signed.apk notepad_signed_aligned.apk
说明：
1）zipalign是工具名称，-v表示在DOS窗口打印出详细的优化信息；
2）notepad_signed.apk notepad_signed_aligned.apk 表示对已签名文件notepad_signed.apk进行优化，优化后的文件名为notepad_signed_aligned.apk
说明：如果你以前的程序是采用默认签名的方式（即debug签名），一旦换了新的签名应用将不能覆盖安装，必须将原先的程序卸载掉，才能安装上。因为程序覆盖安装主要检查两点：
1）两个程序的入口Activity是否相同。两个程序如果包名不一样，即使其它所有代码完全一样，也不会被视为同一个程序的不同版本；
2）两个程序所采用的签名是否相同。如果两个程序所采用的签名不同，即使包名相同，也不会被视为同一个程序的不同版本，不能覆盖安装。
另外，可能有人可能会认为反正debug签名的应用程序也能安装使用，那也没有必要自己签名了嘛。千万不要这样想，debug签名的应用程序有这样两个限制，或者说风险：
1）debug签名的应用程序不能在Android Market上架销售，它会强制你使用自己的签名；
2）debug.keystore在不同的机器上所生成的可能都不一样，就意味着如果你换了机器进行apk版本升级，那么将会出现上面那种程序不能覆盖安装的问题。不要小视这个问题，如果你开发的程序只有你自己使用，当然无所谓，卸载再安装就可以了。但要是你的软件有很多使用客户，这就是大问题了，就相当于软件不具备升级功能！
四、Android Studio打包签名
五、多渠道打包
参考
Gradle for Android（三）多渠道打包、配置签名信息
［Android Studio 权威教程］多渠道打包和一键完成（全部产品）打包并签名
