在《混元整体理论──意识论》中对意元体的形成与变化，从个体发生学的角度作了简捷的阐述，这里主要从种族发生学的层面做一说明。
混元整体理论认为，人是由原始的混沌世界衍化而来，经历了物理世界、化学世界、生物世界，人的世界（亦称意识世界）。在此发展的长链中，每一环节都含蕴着前一环节的合理内容，而又有自己的特殊性。人的世界是从生（动）物世界直接发展而来，并将进化到更高级的完人世界。
尽管人的世界已经超越了动物世界，但它有着受动性（亦称感受刺激性）、主动性相统一这一动物世界的共同特征。而人的意元体则是从动物的受动主动性发展而来，它已经历了不同层面的变化，也必将会进一步的发展升华，其变化和升华的过程可分如下层面（无性繁殖的单细胞为生物混沌体，不计在内）：
（一）性元体阶段
从异配有性繁殖的单细胞动物到神经细胞出现前的动物阶段。该阶段动物的生命活动特征是，以整体的感受刺激性进行被动的活动，这种活动是受动的，只有在两性结合时，才显现出微弱的主动性。对具备了此混元特性的混元时空整体，我们称之为“性元体”，其主动性我们称之为“性我”。此“性我”，是发展到以后各阶段的“我”的依据。
（二）心元体阶段
从有了神经细胞开始至脑形成以前的动物阶段。其特征是动物个体有了组织器官的简单分工，有了传输信息的神经细胞与效应细胞，而且具有了原始的心脏，对外界的刺激有了反应性的活动，对此我们称之为应动性（亦称感应刺激性）。这一阶段的动物，不仅有了对效应器官的支配性，而且心脏总在不停地跳动，对由神经细胞乃至神经节为主导的动物混元整体，我们称之为“心元体”，其主动性我们称之为“心我”。
（三）脑元体阶段
动物进化到脑的出现，形成了中枢神经系统，脑细胞混元气通过融合，形成了能映、能应、能思的特殊混元整体，使动物有了感觉到知觉直至形成映像的功能，并以之引发独特的记忆与行为，动物开始有了一定程度的思维、情感活动。由分工明确的脑神经细胞混元气形成的混元整体，我们称之为“脑元体”，其内在主动性我们称之为“元我”（或称“脑我”、“无我”）。此时的“我”，尚未和动物的生命活动分开而独立。
（四）脑意体阶段
特指类人猿进化到人的特定阶段，即从使用工具并制造工具后，脑元体中的一些活动有了相对独立性，不仅可以一般地反映客观世界，而且已经可以进行独立的思维加工，开始出现主观世界的特征，且主观意识（意愿）在客观世界开始得以展现，与此相应地出现了简单的言语、词汇。这标志着脑元体开始具备了抽象能力，形成了抽象空间（精细度还相对低下），这时的“脑元体”开始意识到“我”（自己）的存在。由于这一切还处在初级阶段，其参照系也相当简单、粗糙，因而意识到的那个“我”，只是对自身生命活动与客观环境对立的差异的反映的直接感受，还不是完全独立的自我。对此主动性的混元整体，我们称之为“脑意体”，对意识到的这个“我”的感受，我们称之为“意我”。此时的“我”，与自身的生命活动紧密相关。
（五）意元体阶段
原始人的“脑意体”的抽象加工能力进一步提高，使其言语功能不仅有了广泛发展，而且开始对言语进行再一次符号加工──出现了文字符号，从而促进了对词语概括能力的强化，这一切促成了“脑意体”抽象空间的游离、分化与独立，使之真正成为了概念活动的场所，使其能映能应的功能进化到了“映自自映”的层次。这一客观变化冲出了“脑意体”之映像──能量场的层次，其凝聚物不再是具有能量的能量凝聚体，而是更为精微的信息。它是人体生命活动的维系中心、生命能量的调节中心，是人体活动的指挥中心，对此我们称之为“灵元”，也叫“元灵”，它是人类灵性之所在。这时，“脑意体”就进化到了“意元体”的层次，尔后进入意元体的信息凝聚物淀积在灵元的外围，就是我们所说的意元体参照系，其主动性我们称之为“自我”。
（六）虚灵体阶段
可以从对常人高峰体验的反复玩味，或经完人技能锻炼（传统气功之性功锻炼亦可）或经与“虚灵体”的契合与诱发等手段进入虚灵体阶段。如果说前五阶段是生物自然发展的结果，那么由意元体进入虚灵体则必须由艰苦的自觉锻炼方能实现，它是人自身亲自感受到的意元体本来就具有的真实存在状态，是意元体觉知之用与其体结合而知觉的整体混元状态（这是与常人的高峰经验的根本区别），是意元体的体性特征得到进一步强化的表现。此时，感到的意元体体像是空旷虚豁，即古人说的“若有若无”、“非有非无”的状态。此状态之虚豁无形迹可察，故称“非有”；其空旷无像但有觉知之用，而非如兔角之无，故谓之非无；其体恍惚能生依稀之“有”感，故称之为“若有”；其动知而有灵，但又杳无朕兆，故谓之“若无”。对此，我们称之为虚灵体，此际之我为“觉我”，即觉察到自我的真实存在主观感受。在此阶段中易于引发超常智能，对超常智能切勿“慧而不用”，应是“发而不抑，用而不疲，精而不恃”，并以之指导尔后的练功全过程。
（七）清灵体阶段
由虚灵体锻炼而来。在虚灵体之觉知之用反复返归其体的过程中，会自然地敞开其体以纳其用，其觉知之用以虚而入其体，达到觉知之用与虚豁其体的“合一”，使其混元整体得到进一步升华。其质地更加精细致密，变若有若无恍恍惚惚之体象为清晰、澄澈纯净、通透无碍，若清空之虚阔能容物而无青色，若深潭之碧透能载物而无阻抗，若水晶之彻透能映物而无形质。其体无边无际，无内外、明暗、动静之别，是一真实的清虚之真有，且灵知晃耀随意而察，随机而动，已能粗知“机”动之过程。对此，我们称之为清灵体，依此建立的是“灵我”。
（八）明灵体阶段
由清灵体锻炼而来，使清灵体进一步强化、净化、纯化，变清灵之体为清明之体──觉体明照，照而非光，随意照察，随意而变，达到了真正的“展之则弥六合而照天照地；缩之则退藏于密无幽不烛”之境地。练之方法是，以清灵体之“灵我”主宰常态与超常态对信息的接收与发放之全过程，完成其“抽牵傀儡线”之主人作用。此际须注意的是，上述过程之完成尚有外在“气立”因素之变化，故主人作用勿滞于“灵我”之体，而是使映知、应动之功能随缘而动，方能由清灵体进入明灵体，若有丝毫执滞，即非明灵。至此，“灵我”已臻脱六根而独立自在，任运自由而敦厚无垠，绝对混沌而时空一体，显现则状若晴空，离能所而灵明朗耀，照而非光，寂照一如，依此建立之我为“真我”。
（九）妙灵体阶段
此系以“真我”行其化机，又有化形身、化气身之别，最后生出灵身则称“妙我”。
上述之种族发生过程与个体发生学联系比较当有如下关系：“性元体”相当于精子卵子结合之主动功能以及结合后的受精卵混元气的潜在的整体主动性，“心元体”相当胚胎混元气阶段之主动功能，“脑元体”相当于脑形成过程中的混元整体功能，“脑意体”相当于初始意元体与自我意元体早期阶段，“意元体”相当于偏执意元体的内容，“虚灵体”与“清灵体”相当于圆满意元体，而混化意元体则包括“明灵体”与“妙灵体”。
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