2021-11-14

推荐一款免费、好用的在线基因ID转换工具

做生信的小伙伴经常有卡在基因 ID转换,R语言编程又不熟悉,弄得头晕脑胀。今天为大家推荐一款免费、好用的在线基因 ID转换工具:Biogeneid。

工具网址:http://biogeneid.info/

一、页面展示

Biogengid是一个基于网页的在线基因 ID转换工具,进入Biogengid主页后,如下图所示:


可看到,Biogeneid有关于基因ID进行单个转换和批量转换的按钮。页面简捷明了,易于操作。

二、输入格式

注册后实测发现,主要有以下优点

   支持批量ID转换,用户图形界面简洁易懂

  强大的数据库收录,支持44种基因ID间的转换

  智能的兼容性混合输入,不同物种和不同基因ID类型的基因ID可以混合作为批量输入

  转换速度快,结果导出方便

     Biogeneid支持44种基因ID之间的转换,只要你的输入是其中一种或者多种组成即可。基因ID间以,隔开作为输入,点击搜索即可转换。

     仔细查了一下,发现支持下面44种基因ID

transcriptview:H-InvDB数据库提供的在转录视图下的注释项

locusview:H-InvDB数据库提供的在locus视图下的注释项

gintegra:H-InvDB数据库提供的在基因组视图下的注释项

ppiview:H-InvDB数据库提供的蛋白质相互作用注释项

nucleotide:美国国立卫生研究院NCBI的nucleotide数据库提供的注释项,又称Gene RefSeq

genbank:美国国立卫生研究院NCBI的genebank数据库提供的注释项

entrezgene:美国国立卫生研究院NCBI的Gene数据库提供的注释项,又称Gene_ID

omim:约翰霍普金斯大学的OMIM数据库提供的遗传表型注释项

pubmed:NCBI的pubmed数据库提供的文献注释项

gemdbj:日本的GEMDBJ数据库提供的医学相关注释项

Hugo:人类基因组计划数据库提供的注释项

mutationview:HGV数据库提供的人类基因组变异注释项

hgold:H-InvDB数据库提供的基因多样性注释项

pdbj:日本蛋白质结构数据库提供的结构注释项

uniprot:欧洲生物信息学中心EMBL-EBI的UNIPROT数据库提供的蛋白注释项

ggdb

frnadb:fRNAdb数据库提供的RNA注释项

enst:ensmbl数据库提供的转录组注释项

ensg:ensmbl数据库提供的基因注释项

ensp:ensmbl数据库提供的蛋白注释项

nbrc:日本生物资源中心提供的注释项

hgpd:人类基因与蛋白数据库HGPD提供的注释项

kegg:京都基因与基因组百科全书KEGG数据库提供的注释项

pathway:京都基因与基因组百科全书KEGG数据库提供的通路视图注释项

hprd:人类蛋白参考数据库HPRD提供的注释项

legenda:H-InvDB数据库提供的疾病注释项

evola:H-InvDB数据库提供的人类基因进化注释项

hdbas:人类选择性剪接转录组数据库HDBAS提供的注释项

gcompass:H-InvDB数据库提供的比较基因组学视图下的注释项

proteinview:H-InvDB数据库提供的蛋白视图下的注释项

cipro:美国食品药品监督局FDA药品数据库提供的注释项

hangel:H-InvDB数据库提供的人类基因在不同平台与成人组织中的表达谱注释项

fljh:fljh数据库提供的cDNA-locus注释项

varysysdb:H-InvDB数据库提供的人类基因单核苷酸多态性等基因组变异注释项

pdbechem:欧洲生物信息学中心EMBL-EBI提供的蛋白结构与化学组分注释项

drugbank_h:DRUGBANK数据库提供的药物信息注释项

wikipedia_hp:维基百科注释项

protein:美国国立卫生研究院NCBI的protein数据库提供的注释项,又称Protein RefSeq

dgv:DGV数据库提供的人类基因组结构变异注释项

coxpres:COXPRES数据库提供的基因调控注释项

atlas:人类蛋白图谱数据库提供的蛋白质谱等信息的注释项

peptide:多肽图谱数据库提供的多肽质谱注释项

nextprot:瑞士生物信息研究所的NEXTPROT数据库提供的蛋白质相关注释项

disgenet:DisGeNET数据库提供的人类基因突变与表型相关注释项

三、输出格式

以批量转换为例,取了999条基因ID进行批量转换,输出格式如下图所示。


输出为一张表格:各列分别为输入ID,输入ID类型,输出ID类型,输出ID,输出信息原链接,结果还可以直接导出为EXCEL保存。 是不是想收藏了,又全又快的免费在线基因ID转换工具,你还在犹豫什么?赶紧收藏转发用起来吧~
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 199,636评论 5 468
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 83,890评论 2 376
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 146,680评论 0 330
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 53,766评论 1 271
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 62,665评论 5 359
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 48,045评论 1 276
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 37,515评论 3 390
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 36,182评论 0 254
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 40,334评论 1 294
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 35,274评论 2 317
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 37,319评论 1 329
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,002评论 3 315
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 38,599评论 3 303
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 29,675评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 30,917评论 1 255
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 42,309评论 2 345
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 41,885评论 2 341

推荐阅读更多精彩内容

  • Nat Med | 空间转录组学分析单细胞分辨率图谱 原创存在一棵树图灵基因今天 收录于话题#前沿分子生物学技术 ...
    图灵基因阅读 411评论 0 0
  • 一、后台项目问题 1.1 用户列表的禁用启用字段返回 可以看到现在用户列表没有禁用获取启用的字段: 添加: 效果:...
    cd93761a1cef阅读 191评论 0 0
  • 一、本周计划完成任务 完成多线程学习计算机网络数据结构 数据结构树和二叉树链式存储必须全部实现数据库 二、最终的结...
    胡小毛阅读 448评论 3 8
  • 时间:11.8~11.14 本周计划任务: 1英语四级的学习,这周主要听了听力,虽然听得比较简单,但是我感觉成就感...
    耿政小20强化班阅读 294评论 0 2
  • 20年前,刚走出校门,懵懂的职场新人一路肆意妄为,四年后我换了一份相对稳定的工作,新人述职的公开会上我慷慨激昂:四...
    子悟阅读 174评论 0 0