推荐一款免费、好用的在线基因ID转换工具
做生信的小伙伴经常有卡在基因 ID转换,R语言编程又不熟悉,弄得头晕脑胀。今天为大家推荐一款免费、好用的在线基因 ID转换工具:Biogeneid。
一、页面展示
Biogengid是一个基于网页的在线基因 ID转换工具,进入Biogengid主页后,如下图所示:
二、输入格式
注册后实测发现,主要有以下优点
支持批量ID转换,用户图形界面简洁易懂
强大的数据库收录,支持44种基因ID间的转换
智能的兼容性混合输入,不同物种和不同基因ID类型的基因ID可以混合作为批量输入
转换速度快,结果导出方便
Biogeneid支持44种基因ID之间的转换,只要你的输入是其中一种或者多种组成即可。基因ID间以,隔开作为输入,点击搜索即可转换。
仔细查了一下,发现支持下面44种基因ID
transcriptview:H-InvDB数据库提供的在转录视图下的注释项
locusview:H-InvDB数据库提供的在locus视图下的注释项
gintegra:H-InvDB数据库提供的在基因组视图下的注释项
ppiview:H-InvDB数据库提供的蛋白质相互作用注释项
nucleotide:美国国立卫生研究院NCBI的nucleotide数据库提供的注释项,又称Gene RefSeq
genbank:美国国立卫生研究院NCBI的genebank数据库提供的注释项
entrezgene:美国国立卫生研究院NCBI的Gene数据库提供的注释项,又称Gene_ID
omim:约翰霍普金斯大学的OMIM数据库提供的遗传表型注释项
pubmed:NCBI的pubmed数据库提供的文献注释项
gemdbj:日本的GEMDBJ数据库提供的医学相关注释项
Hugo:人类基因组计划数据库提供的注释项
mutationview:HGV数据库提供的人类基因组变异注释项
hgold:H-InvDB数据库提供的基因多样性注释项
pdbj:日本蛋白质结构数据库提供的结构注释项
uniprot:欧洲生物信息学中心EMBL-EBI的UNIPROT数据库提供的蛋白注释项
ggdb
frnadb:fRNAdb数据库提供的RNA注释项
enst:ensmbl数据库提供的转录组注释项
ensg:ensmbl数据库提供的基因注释项
ensp:ensmbl数据库提供的蛋白注释项
nbrc:日本生物资源中心提供的注释项
hgpd:人类基因与蛋白数据库HGPD提供的注释项
kegg:京都基因与基因组百科全书KEGG数据库提供的注释项
pathway:京都基因与基因组百科全书KEGG数据库提供的通路视图注释项
hprd:人类蛋白参考数据库HPRD提供的注释项
legenda:H-InvDB数据库提供的疾病注释项
evola:H-InvDB数据库提供的人类基因进化注释项
hdbas:人类选择性剪接转录组数据库HDBAS提供的注释项
gcompass:H-InvDB数据库提供的比较基因组学视图下的注释项
proteinview:H-InvDB数据库提供的蛋白视图下的注释项
cipro:美国食品药品监督局FDA药品数据库提供的注释项
hangel:H-InvDB数据库提供的人类基因在不同平台与成人组织中的表达谱注释项
fljh:fljh数据库提供的cDNA-locus注释项
varysysdb:H-InvDB数据库提供的人类基因单核苷酸多态性等基因组变异注释项
pdbechem:欧洲生物信息学中心EMBL-EBI提供的蛋白结构与化学组分注释项
drugbank_h:DRUGBANK数据库提供的药物信息注释项
wikipedia_hp:维基百科注释项
protein:美国国立卫生研究院NCBI的protein数据库提供的注释项,又称Protein RefSeq
dgv:DGV数据库提供的人类基因组结构变异注释项
coxpres:COXPRES数据库提供的基因调控注释项
atlas:人类蛋白图谱数据库提供的蛋白质谱等信息的注释项
peptide:多肽图谱数据库提供的多肽质谱注释项
nextprot:瑞士生物信息研究所的NEXTPROT数据库提供的蛋白质相关注释项
disgenet:DisGeNET数据库提供的人类基因突变与表型相关注释项
三、输出格式
以批量转换为例,取了999条基因ID进行批量转换,输出格式如下图所示。