小说阔大开展，气韵沉雄，以历史与当下两条线索，讲述了发生在京杭大运河之上几个家族之间的百年“秘史”。“北”是地理之北，亦是文脉、精神之北。大水汤汤，溯流北上，该小说力图跨越运河的历史时空，探究普通国人与中国的关系、知识分子与中国的关系、中国与世界的关系，探讨大运河对于中国政治、经济、地理、文化以及世道人心变迁的重要影响，书写出一百年来大运河的精神图谱和一个民族的旧邦新命。
公元1901年，岁次辛丑。这一年，时局动荡，整个中国大地风雨飘摇。为了寻找在八国联军侵华战争时期失踪的弟弟马福德，意大利旅行冒险家保罗·迪马克以文化考察的名义来到了中国。这位意大利人崇敬他的前辈马可·波罗，并对中国及运河有着特殊的情感，故自名“小波罗”。主人公之一谢平遥作为翻译陪同小波罗走访，并先后召集起挑夫邵常来、船老大夏氏师徒、义和拳民孙氏兄弟等中国社会的各种底层人士一路相随。他们从杭州、无锡出发，沿着京杭大运河一路北上。这一路，既是他们的学术考察之旅，也是他们对于知识分子身份和命运的反思之旅，同时，更是他们的寻根之旅。当他们最终抵达大运河的最北端——通州时，小波罗因意外离世。同时，清政府下令停止漕运，运河的实质性衰落由此开始……一百年后的2014年左右，中国各界重新展开了对于运河功能与价值的文化讨论。当谢平遥的后人谢望和与当年先辈们的后代阴差阳错重新相聚时，各个运河人之间原来孤立的故事片段，最终拼接成了一部完整的叙事长卷。这一年，大运河申遗成功。
这部小说的核心和关键当然是运河和它的百年历史。诚然，这部小说从一开头就有为运河写史的架势——这一运河的历史和现实联系着中华民族的近现代变迁，——且表现出同作者此前同类小说的诸多不同之处，但这只是背景或者说远景。即是说，这一小说在历史与现实的交替结构中确实呈现出某种民族国家寓言的意味，但这只是表面或浅层。其更深层的意味则在于以此作为背景，作者想在这一背景下，凸显运河和人的关系，借此写出人与人之间的那种超越民族和种族之上的感情。这种对关系的表现，能够突破民族国家的寓言的写作，而上升到一个普遍性的高度。这集中体现在意大利人小波罗和马福德两兄弟对运河的热爱上。这里面，既包含了家乡的热爱——中国的运河让他们想到威尼斯和故乡，——对他们的祖先马可·波罗的追思，也包括了对人与河流的关系的认识，更包含了关于“人类共同体”的思考。这是超越民族国家之上的关于“人”和自然的命题。在这当中，当然包含了关于中华民族的寓言，但更关乎民族国家之上的“人学”命题。
即是说，它不仅仅是“民族秘史”，它更象征一种“人类共同体”：在这条河上发生的故事，不仅是不同国家的人之间的故事，更是作为“人”的存在形态的故事。在某个关键点上，比如说1900年“义和团运动”和“八国联军人侵中国”这样的时刻，国族身份具有其浓烈的政治内涵，但就是这样的时刻，国族性及其区分也只是相对的，就像马福德和如玉的关系，他们是两个国家的青年男女的关系，更是超越国族意义上的爱情关系。他们之间的爱，具有超越民族国家的意义，所以马福德最后会为了如玉，而与日本人同归于尽。
整部《北上》在情节上呈现出一种焰火结构。焰火在空中炸开之后的形态是具有整体性的、同时也是发散性的，有无数光点散在夜空，在小说里面爆发的这一瞬，其实是有迹可寻的，很具体，就是小波罗死在船上的那一个瞬间。在那时候，他把自己随身带的东西分发出去，每个人领到一个礼物，这个情节细节变成整部小说后面那么多人物、那么多故事线头最终得以接续起来的核心关节。比如孙过程，他拿到的是相机，他的后代再次将镜头对准运河上的人和事。邵常来得到罗盘，他的后辈就是跑船的。
另一方面是形式结构。从目录和小标题就能看出来，《北上》的时空在不断的摇摆，从南方到北方不断切换，尤其从1900年到2012年、2014年，始终不断切换。这种交叉安放叙述的设计是有匠心的。读者知道这个故事涉及到的人很多，它的空间也很大，尤其时间跨度那么长，中间还有漫长的空白期，如何在完整故事的前提下消弭这种难度，或者说不让这些把故事切碎？他用结构形式上的交叉换位，让小说的节奏像船一样摇晃起来。它的时空板块不断切换、不断来回穿插，有详有略，又有内在的节奏感，这也是他面对难度叙事的一个处理方式。
