1. 安装BLAS和LAPACK library
sudo yum install blas-devel lapack-devel
2.安装JAGS
wget https://ftp.debian.org/debian/pool/main/j/jags/jags_4.3.2.orig.tar.gz
tar -xzvf jags_4.3.2.orig.tar.gz
cd JAGS-4.3.2
./configure --libdir=/usr/local/lib64
make -j 20 && make install
3.安装rjags
- 首先,在Linux终端,输入以下命令,如果显示jags的版本,则jags安装成功:
pkg-config --modversion jags
- 如果您的系统没有pkg-config,则需要安装pkg-config,再次运行以上命令;
- 下一步,在浏览器里连接Rstudio server;
- 在R里设置环境变量,保险起见,我设置了三个,如下:
Sys.setenv(LD_LIBRARY_PATH = "/usr/local/lib64/JAGS/modules-4/")
Sys.setenv(LD_RUN_PATH = "/usr/local/lib64/JAGS/modules-4/")
Sys.setenv(PKG_CONFIG_PATH="/usr/local/lib64/pkgconfig")
install.packages("rjags", configure.args="--enable-rpath")
4.安装infercnv
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("infercnv")