一、下载gdc_client
可以使用wget+unzip组合下载，或者直接去官网下载，选择对应版本。
https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.1_OSX_x64.zip
使用wget下载时可能会出现网站安全证书有问题的报错，添加--no-check-certificate重新运行即可。
二、下载manifest、clinical文件
进入TCGA官网https://protal.gdc.cancer.gov/，选择repository。
根据需求勾选分类，先选cases，再选files，选好后点击manifest下载。
不改变cases，清空files，只勾选data category 中的clinical，和data format中的xml，同样下载manifest文件。
将两个文件都放到gdc_client所在目录，clinical文件需要自己改一下文件名避免重名，或者按自己喜欢的方式命名，只要可以区分就行。
三、下载数据
cd /path to gdc_client
./gdc-client download -m gdc_manifest.2022-10-28.txt
可以打开一个结果文件夹查看，我这里下的是mirna定量数据，从左到右的列分别为id，counts数，RPM，cross-mapped。
查看样本生存情况
./gdc-client download -m gdc_manifest.2022-10-28_clinical.txt -d xml/
结果发现报错，猜测可能是这一步新建了xml文件夹，但是gdc_client没有添加到环境变量里，所以只能在当前目录使用，于是编译环境变量。。。
添加环境变量前不知道自己用的是bash还是zsh的小伙伴可以切到root或者/home/manager/目录下去找，OS系统的话就是～目录。
我的是zshrc，所以：
echo 'export PATH=/path to gdc-client' >> ～.zshrc
source ～/.zshrc
一切看起来都是那么正常，重新运行查看样本生存情况一步，嗯...还是一样的报错——语法错误：无效或缺失编码声明...不知道什么意思，然后求助百度，竟然是因为网速/网络问题，可以选择更换网络或者在不同时间段多试几次。。。
好了，那从TCGA批量下载数据就是这样，数据量大的小伙伴，还需要上传服务器，如果只需要个别project数据，可以直接在官网筛选下载。
