FastQC是一个在生物信息学领域广泛使用的工具，用于对高通量测序数据进行质量控制。这是一个Java应用程序，需要一个Java运行环境（JRE）。
FastQC的结果只针对一个测序文件，如果想将多个测序文件的结果整合一块来看，可以尝试用MultiQC软件
MultiQC是一种基于Python的工具，用于整合和查看多种类型高通量测序数据的质量控制结果。
安装
1. 安装Java Runtime Environment (JRE)和 Java Development Kit (JDK)
1.1. JRE和JDK
- Java有多种不同的实现；Open JDK和Oracle Java是Java的两个主要实现，它们之间几乎没有区别。
- Java Runtime Environment (JRE)： 由Java虚拟机JVM，类和二进制文件组成，提供环境让我们能够运行Java程序。
- Java Development Kit (JDK)：包含构建Java应用程序所需的JRE以及开发/调试工具和库，有些java程序运行的时候需要调用。
1.2. 安装
1.2.1. apt安装方式（有sudo权限）
- 需要sudo权限，可以在自己的虚拟机或服务器试
- 默认的Ubuntu 20.04软件源包含两个OpenJDK软件包：Java Runtime Environment JRE和Java Development Kit JDK。
- Ubuntu Server 20.04软件源提供的jre及其安装代码：
sudo apt install openjdk-11-jre-headless # version 11.0.20.1+1-0ubuntu1~20.04, or sudo apt install default-jre # version 2:1.11-72 sudo apt install openjdk-16-jre-headless # version 16.0.1+9-1~20.04 sudo apt install openjdk-17-jre-headless # version 17.0.8.1+1~us1-0ubuntu1~20.04 sudo apt install openjdk-8-jre-headless # version 8u382-ga-1~20.04.1 sudo apt install openjdk-13-jre-headless # version 13.0.7+5-0ubuntu1~20.04
在Ubuntu安装JDK和JRE：
- 安装
sudo apt-get update sudo apt install openjdk-11-jre-headless -y sudo apt install default-jdk -y - 测试是否安装成功
java -version javac -version(安装成功可以不看这条)我在运行
sudo apt install default-jdk -y时出现以下报错且安装失败:在查询实验多种方式后，用以下两种途径成功安装：
安装成功法一
参考文章https://blog.csdn.net/weixin_44120025/article/details/120934224
cd /etc/apt/apt.conf.d sudo chmod 777 proxy.conf #如果显示找不到该文件，就换种方法 sudo gedit proxy.conf #弹出proxy.conf文件，删除里面的http那两行，保存关闭 sudo chmod 444 proxy.conf法二（换源）
参考文章https://blog.csdn.net/Leslie___Cheung/article/details/120885228
sudo cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.bak #备份原文件 sudo chmod 777 /etc/apt/sources.list #更改文件权限使其可编辑 sudo gedit /etc/apt/sources.list #打开文件进行编辑 #删除原来的文件内容，复制下面的内容到其中并保持 deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic main restricted universe multiverse deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic main restricted universe multiverse deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-updates main restricted universe multiverse deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-updates main restricted universe multiverse deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-security main restricted universe multiverse deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-security main restricted universe multiverse deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-proposed main restricted universe multiverse deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-proposed main restricted universe multiverse
1.2.2. 预编译安装方式（没有sudo权限）
- 有些java软件要求特殊的jdk版本，需自行下载配置
- Oracle下载页面：https://www.oracle.com/java/technologies/downloads/
- 参考文章：https://segmentfault.com/a/1190000038587476
2.下载安装FastQC
- 软件主页：https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
- 下载页面：https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc
在Linux上安装FastQC具体过程如下：
- 创建一个名为“Biosofts”的文件夹
mkdir Biosofts - 进入“Biosofts”文件夹
cd ~/Biosofts - 从官方下载网站下载FastQC的最新版本
wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.12.1.zip - 解压缩下载的文件并检测是否解压成功
unzip fastqc_v0.12.1.zip -d ~/Biosofts ~/Biosofts/FastQC/fastqc -h - 将FastQC的路径添加到系统环境变量中并使其生效
echo 'export PATH=~/Biosofts/FastQC:$PATH'>>~/.bashrc source ~/.bashrc - 通过输入
fastqc -h来检查FastQC是否安装成功。如果出现帮助界面，则说明安装成功。fastqc -h
下面是我上机实操的运行画面
3.下载安装MultiQC
- multiqc官网：https://multiqc.info/
- multiqc软件包：https://github.com/ewels/MultiQC
- channel也可以用中科大的： https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
- 除了conda，大家也可以试试pip安装
- 如果是conda安装，既可以在python3也可以在python2环境安装。
在Linux上使用Anaconda安装multiqc的过程如下：
首先，确保已经安装了Anaconda。如果没有安装Anaconda，请参考我之前文章：Ubuntu中Anaconda的安装与使用
-
打开终端，通过以下命令创建一个新的Python环境（我创建的名为"myenv"）：
conda create -n myenv python=3.7这将创建一个新的Python 3.7环境，你也可以根据需要选择其他Python版本。
-
激活新创建的环境：
conda activate myenv -
接下来，使用以下命令安装multiqc和其依赖项：
conda install -c bioconda multiqc #或者pip安装 pip install --user multiqc -i https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/这将从bioconda渠道中安装multiqc及其相关依赖项。bioconda是一个专门用于生物信息学软件的conda渠道。
安装完成后，你就可以在该环境中使用multiqc了。
在创建和激活新的环境后，你可以使用conda list命令来查看已安装的软件包列表，以确保multiqc和其依赖项已成功安装。
运行画面
使用
在Linux中，fastqc和multiqc是两个用于质量控制和报告生成的常用工具。
1. FastQC：
- FastQC是一个用于快速检查测序数据质量的工具。
- 使用FastQC可以生成一个HTML格式的报告，其中包含有关测序数据的各种质量指标和图表。
- FastQC支持FASTQ格式的测序数据，可以分析单个文件或多个文件。
- 命令：
fastqc input.fastq或fastqc input1.fastq input2.fastq。 -
实例单个文件单个文件分析结果多个文件多个文件分析结果
2. MultiQC：
- MultiQC是一个用于整合多个质量控制结果的工具。
- 使用MultiQC可以将多个FastQC或其他质量控制工具生成的报告合并为一个整体的报告。
- MultiQC支持多种类型的报告，包括FastQC、Trimmomatic、Bowtie、BWA等。
- 命令：
multiqc .或multiqc /path/to/folder. -
实例
以上命令中，input.fastq是待分析的FASTQ格式文件，input1.fastq和input2.fastq是多个文件的示例输入。MultiQC的示例命令中，.表示当前目录，/path/to/folder是包含质量控制报告的文件夹路径。
3.获取测序数据
我后续会更新附带详细图片的获取过程
使用NCBI的网页界面搜索、浏览和下载数据步骤：
访问NCBI网站：打开浏览器，访问NCBI，网址为 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 。
搜索数据：在NCBI的主页或相应数据库的页面上，使用搜索栏输入你想要查找的关键词、Accession号、物种名称等，然后点击搜索按钮。
过滤结果：在搜索结果页面，你可以使用筛选器、限定条件和其他选项来缩小结果范围，以便找到你需要的数据。
选择数据：在搜索结果中找到你需要的数据，点击相关条目查看详细信息。
下载数据：在数据的详细信息页面，通常会有一个“Download”或类似的按钮或链接，点击它将会弹出下载选项。选择你想要的文件格式（如FASTA、FASTQ等）以及下载位置，然后开始下载。
这些步骤是笼统的，具体的步骤和界面可能因NCBI网站的更新而有所变化。可以多看看相关教学内容。
上述实机操作画面因为使用的不同方式与账号登录的Linux（带图形界面的是我自己电脑上操作，没有图形界面的是通过老师提供的账号与服务器远程操作的），界面图片和账号已及环境名称会有差别，但整体操作过程是相同的。
