文献信息：标题：NetCoMi: Network Construction and Comparison for Microbiome Data...
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预印 | R NetCoMi：利用微生物组数据构建网络和比较网络 -
网络中关键节点的识别
最近半年一直在尝试从复杂的关系网络中，挖掘可能从事某种恶意的团伙，比如在交易数据中挖掘潜在可疑交易的诈骗团伙等。在对全网的复杂网络分团后，面临一...
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快捷查找KEGG里的通路和基因
需求 1.快捷查找ID对应的description，知道通路对应的编号是多少。2.找出某一个/几个通路里的全部基因，用来做单独的下游分析。 如果...
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一种ceRNA关系网络的新颖画法，R语言绘制冲击图（桑基图）教程在ceRNA相关的研究中，例如circRNA-miRNA-mRNA，或者lncRNA-miRNA-mRNA的靶向关系图谱，一般通过网络图呈现。首...
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微生物组16S rRNA数据分析小结：从fastq测序数据到OTU table笔记内容：由二代测序产生的序列数据（fastq格式）到物种丰度的OTU table， 样本群落距离矩阵，物种多样性指数，序列的进化树及物种注释信...
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宏基因组功能注释（以COG为例）Contigs/Scaffolds序列经基因预测、ORF开放阅读框识别（Open Reading fr ame）和蛋白翻译之后，就可以进行功能注...
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一文极速读懂 Gene Ontology （GO）数据库一、介绍 官方：基因本体（GO）知识库是有关基因功能的全球最大信息来源。 这些知识既是人类可读的，也是机器可读的，并且是生物医学研究中大规模分子...
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使用cd-hit对蛋白质或核酸序列进行聚类
2018.9.7 星期四 多云 biolearn cd-hit 是用于蛋白质序列或核酸序列聚类的工具，根据序列的相似度对序列进行聚类以去除...
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2018-08-20 Metagenome分析教程
前言 之前看panda姐的blog时，发现介绍了篇关于Metagenome的分析教程，刚好就想着试着翻译下，作为我的第一篇文章，顺带练练我Mar...
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idba_ud-序列拼接组装（2018-05-24）拼接的思路大体可以分为两种：一种叫做Overgap,一种是debrujin,前者是根据两条read序列前后部分的重叠来拼接，适用于一代测序的结果...
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