单倍型，是单倍体[https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%95%E5%80%8D%E4%BD%93/304058...
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基于Vcf文件进行基因单倍型分析 -
SNP连锁不平衡图（LD）可视化R包LDheatmap的使用理解SNPs之间的联系或连锁不平衡（LD）模式对于单体型的选择具有重要作用，然而，对于密集的SNP图谱，随着区域内SNPs数量的增加，很难直接从...
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2021-01-06GWAS全基因组关联分析流程
转载自：https://blog.csdn.net/yangl7/article/details/109202042 一、BWA比对 1.构建索...
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Post-GWAS-LD图与基因，关联结果一起可视化IntAssoplot包可以将GWAS结果和LD， 基因结构图整合在一起画出。介绍来自：https://github.com/whweve/In...
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7.2 GWAS：系统进化树美化——ITOL官方网站：https://itol.embl.de/[https://itol.embl.de/] ITOL是Interaction Tree ...
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7.1 GWAS：系统进化树——MEGA系统发育树 系统发育树是表明被认为具有共同祖先的各物种/材料之间的演化关系树形图，用来描述物种（或材料、序列等）之间的分类和演化关系，是反映群体...
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4.2 基因型数据描述性统计
完成标记开发后，会得到基因型数据，首先要对基因型数据进行统计，用到的工具是plink，安装及基础用法见链接：plink安装及基础用法 - 简书 ...
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12.GWAS：候选基因挖掘
在上一步确定好候选区间后，需要找到候选区间内的基因，即候选区间和参考基因组取交集，用到的工具是bedtools。 关于bedtools的详细用法...
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11.GWAS：确定候选区间
确定了与表型显著的SNP位点后，通常会选择在显著性位点所在位置前后，各一定的距离内，确定候选区间，进行候选基因挖掘，而这个距离如何确定？9.5 ...
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10.GWAS：LD decay(LD衰减）—— PopLDdecay关于连锁不平衡的详细介绍在之前的帖子里有说过，这里就不再赘述，本篇主要介绍LD decay的计算。1.GWAS：原理与目的 - 简书 (jian...
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