最近一直在学习单细胞方面的知识，无意中看到别人的帖子在分享如何画堆叠的小提琴图(StackedVlnPlot)，顺便就学习了一下。发现Sta...
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scRNAseq || 堆叠小提琴图(StackedVlnPlot)的4种实现方式 -
Seurat取子集时会用到的函数和方法在单细胞数据分析中，在确定细胞类型后，除了可以进行差异表达基因分析外，还可以针对单个细胞类型进行分析特定分析，这时就需要我们提取细胞子集分开处理...
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DoubletFinder 去除双细胞
1. 参考资料 https://mp.weixin.qq.com/s/ybr1rK5CcC-BfDKUYxKcNw https://www.ji...
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R package：WGCNA加权基因共表达网络的构建与分析1.安装 载入WGCNA包时会发现部分包没有安装需要手动安装 打开多线程 2.导入数据 2.1 矩阵转置 2.2 查看 3 检查离群样本 4 选...
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2019-08-28第七天：关于SCENIC的使用教程
文章来源：scenic: single-cell regulatory network inference and clustering git...
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SCENIC | 从单细胞数据推断基因调控网络和细胞类型
在2019/08/07的Nature刊中，中科院景乃禾课题组发表了文章——Molecular architecture of lineage a...
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SCENIC
安装相关： 在服务器上安装SCopeLoomR时，输入如下 devtools::install_github("aertslab/SCopeLo...
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单细胞转录组WGCNA到底应该怎么做？在做单细胞转录组数据分析的时候，获得分群后我们希望知道每个群的marker基因是什么以此来描述细胞群的特征。其技术本质就是利用某种规则获得样本（...
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ggplot2 - 柱状图简介 柱状图一般用于，当我们都有一组分类变量以及每个类别的定量值，而我们关注的主要重点是定量值的大小时。 应该在柱状图背景保留横网格线，便于比较...
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测序结果概览：基因表达量rank瀑布图，高密度表达相关性散点图，注释特定基因及errorbar的表达相关性散点图绘制这是ggplot2可视化专题的第一个实例操作 ggplot2的基本思路见前文总论：基于ggplot2的RNA-seq转录组可视化：总述和分文目录...
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