RepeatMasker是重复序列检测的常用工具，通过与参考数据库的相似性比对来准确识别或屏蔽基因组中的重复序列，属于同源预测注释的方式。下文除...
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基因组重复序列检测：RepeatMasker的安装及使用 -
BUSCO 做基因组评价Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO)是用于评估基因组组装和注释的完整性的工具...
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跟着Nature Genetics学数据分析：使用GEC软件计算有效位点数从而确定GWAS的阈值论文 Super-pangenome analyses highlight genomic diversity and structural v...
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基因家族扩张收缩分析-cafe结果可视化-cafe4cafe自带的程序，只能单独标注扩增或者收缩的基因家族数。手工标注又很麻烦，所以我写了一个R程序，虽然图不够精致，不过基本解决问题。 cafe_...
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比较基因组分析—OrthoVenn和OrthoFinder的使用OrthoVenn2 OrthoVenn2是一个网页版的基因家族聚类工具，它基于OrthoMCL。选择要分析的物种，也可上传蛋白序列 分析结果 ...
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比较基因组分析-数据准备
比较基因组分析，首先需要选定要比较的物种，然后下载这些物种的基因组数据。 基因组数据准备 数据准备1.基因结构注释文件， gff/gtf格式2....
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跟着Nature Communications学作图：synvisio在线工具展示MCScanX共线性分析的结果synvisio在线工具 链接 https://synvisio.github.io/[https://synvisio.github.io/]...
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CAFE输出结果整理2——提取特定Orthogroups里某个物种的基因名
比较基因组分析很多时候都是用OrthoFinder生成的Orthogroups来进行分析，然后得到一系列OG的ID，对于不同的物种，我们还需要在...
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基因组共线性分析-JCVI由于忙课题的原因，断更了好久，虽然断更的时间内学习到了很多东西，但细想一下还是记录在自己博客里比较好，方便自己查阅也方便其他人学习 JCVI这个...
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比较基因组学的研究内容
定义：在基因组序列信息已知的基础上，对已知基因和基因的结构进行比较，了解基因的功能，表达调控机制和物种进化过程（简单来说就是拿组装好的基因组做比...
专题公告
比较基因组研究
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