科研狗对美的追求是永无止境的。为了一张好看的实验结果图，那是赴汤蹈火，在所不惜。下面就跟大家介绍一个美化进化树的利器——iTOl。本文主要向大...
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进化树美化利器iTOL -
OrthoFinder直系同源基因寻找最近在学习OrthoFinder的过程中，发现了非常不错的分析流程，特向大家分享。[Step-by-Step OrthoFinder Tutor...
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文献解读（一）：植物基因组文献前言 小编要分享的这篇文章是2020年10月19发表在Nature Communications杂志上，很荣幸征得作者本人（北京林业大学林木...
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如何获得cafe所需要的过滤后的基因家族基因数目文件
Orthofinder产生的Orthogroups.GeneCount.tsv不能直接作为CAFE软件的输入文件，需要做如下处理：filter_...
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物种进化树构建
使用单拷贝基因画物种进化树 所需软件： 步骤： python 脚本更改物种蛋白序列的ID 2)更改各个物种蛋白库文件的名字，与序列ID的名字前半...
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2019-11-02OrthoFinder-----示例画系统发育树(二)
由OrthoFinder软件可产生大量的分析结果，用于多种分析，下面介绍用产生的文件画系统发育树。 1.基因树(Gene Trees) 根据每个...
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OrthoFinder2—同源蛋白家族聚类寻找同源蛋白家族用的比较多的是Orthomcl，但是该软件多年前已经停止更新，且使用的时候需要安装和使用MySQL，操作起来比较繁琐。因...
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基因家族扩增与收缩（2）
使用cafe软件，和orthofinder聚类结果进行基因家族扩增与收缩分析。 在这里我们已经 得到了四个结果文件summary_pub.txt...
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基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（下）最近刚返校，事情比较多，每天也很忙，之前写的《基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）》也一直没来得及更新，缺少cafe输出结果的解读及后面...
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基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）一、数据准备 首先，选取不同物种的Protein数据集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Di...
专题公告
关于OrthoFinder 的介绍、安装、使用等资料汇总。
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