zhn-blogmhw-zh 读懂FastQC报告 Part I 通过前面的5个问题，我相信大家对Illumina测序，测序的储存文件格式，一些...
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bioinfo100-第6题-读懂FastQC报告 Part I -
简单小需求：如何将FPKM转换成TPM？
刘小泽写于19.2.21或许这还是个比较常用的需求 我们做转录组分析，得到的结果可能是FPKM。但是FPKM确实存在不准确性，推荐使用TPM。 ...
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RNA-Seq学习记录（二）——入门流程命令
5软件安装在上一篇资料搜集的链接中大神们已经详细介绍 以下是我参照链接自己跑的流程命令 比对 hisat2 $ hisat2 -p 16 -x ...
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Trim Galore ——自动检测adapter的质控软件之前分析过的测序数据，数据质量都很好，给了我一个错觉质控的前后差别不是很大，内心里对质控这一步也就不是很重视，跑完质控有时也懒得看结果，拿到一批...
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RNA-seq分析：从fastq到差异表达基因
RNA-seq的数据分析是比较简单基础的分析，大概流程就是处理下机的fastq数据（trimmomatic），比对到人类基因组（hisat2）然...
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高通量测序数据处理学习记录（零）：NGS分析如何选择合适的参考基因组和注释文件前言 现有比对工具在做mapping之前，都需要下载对应物种的参考基因组做index，而如何选择合适的参考基因组是一件非常重要的事情。 现有的参...
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提取基因长度genelength
# 下载gtf：选择的是ensembl的GRCh38.94.gtf： 下载地址：ftp://ftp.ensembl.org/pub/releas...
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hisat2:比对基因组工具简介-转载原文链接：hisat2:比对基因组工具简介_生信修炼手册_传送门 由于测序仪机器读长的限制，在构建文库的过程中首先需要将DNA片段化，测序得到的...
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转录组分析实战第一节：Rawdata的质量控制与清理在转录组数据拿到后，公司一般会给我们一个Rawdata和Cleandata 如果喜欢折腾的可以直接拿着Rawdata进行一下数据清理后再进行后期...
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生物信息入门-1 硬件的准备
原创文章，任何形式的转载请与作者联系！ 对于生物学研究而言，目前测序技术的应用已非常广泛，是解析作用机制的有效利器。 对于初入生物信息学的童鞋们...
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