缘起：课题组需要组装一批物种的matK、rbcL与ITS分子标记，用于后续的生态学研究。 对于matK、rbcL与ITS这类常用分子标记...
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任意分子标记的组装 -
使用ITSx进行ITS2序列的提取
目的 生工测序回来的文件名称比较复杂，且不能直接进行ITS2序列鉴定，之前都是一个文件一个文件的添加">"再用ITSx一个个的跑，耗费时间比较长...
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R语言计算一段DNA序列的GC含量分布及可视化导入一段DNA序列 设置窗口碱基的长度 计算GC含量 计算AT含量 可视化
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DnaSP 种群遗传多样性分析2023-03-08DnaSP 6.0计算 系统发育分支的多态位点数( polymorphic sites，S) 单倍型数( the number ofhaplot...
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0524单倍型： 是单倍体[https://baike.sogou.com/lemma/ShowInnerLink.htm?lemmaId=421109...
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叶绿体基因组组装
getorganelle[https://github.com/Kinggerm/GetOrganelle]组装叶绿体基因组 安装 安装叶绿体基...
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叶绿体基因组 四分体结构鉴定B站视频[https://www.bilibili.com/video/BV1xw411e775/] 序列获取 getorganelle和Spa...
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2020-12-07 从叶绿体基因组序列到ASTRAL物种树背景 orthfinder和直系同源基因介绍 生信基因功能分析工具：Orthofinder使用教程[https://www.jianshu.co...
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八. SNP检测和进化分析（Snippy）
一. 简介 Snippy[https://github.com/tseemann/snippy]是一款用于SNP检测的软件，可以通过分析得到核心...
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读文章重复结果：使用DnaSp软件计算核苷酸多态性Pi(nucleotide diversity)
叶绿体基因组的文章中通常会有一小部分内容是运用DnaSp软件来进行核苷酸多态性π分析，断断续续看了也好长时间了，今天终于重复出了结果，简单记录自...
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