通过前期的分析，我们确定了感兴趣的module，但是module中又含有几十甚至上百的基因，下一步需要进一步筛选hub gene。 WGCNA（...

Introduction 除了利用ballgown流程，目前比较流行的方法还是通过序列比对和计数获得的计数矩阵，然后用广义线性模型去评估和处理这...

WGCNA分析基于两个假设：1.相似表达模式的基因可能存在共调控、功能相关或处于同一通路，2.基因网络符合无尺度分布。基于这两点，可以将基因网络...

本篇代码参考文章:1.生信菜鸟团：一文学会WGCNA分析2.WGCNA（加权基因共表达网络分析）3.WGCNA分析，简单全面的最新教程4.WGC...

写在前面：新手老菜鸟，个人心得，不足之处欢迎交流指正；写作不易，转载前请联系我征得同意，谢谢。 1.基本原理 1.1 概述 全称：DESeq2 ...

[1]Anders S, Huber W. Differential expression analysis for sequence coun...

一.样本表达分布 箱式图 小提琴图 概率密度分布图 以上三个图结合起来可以看总体样本表达分布图 二.样本的相关性 层次聚类树————通过计算点与...

刘小泽写于2018.8.20利用htseq-count、featureCounts等定量软件生成的counts计数文件都是单独的，后续进行统计需...

前言 对跨物种的RNA-seq进行标准化和差异分析已知是一个问题，而目前对此类问题的相关研究还比较少，有用RPKM进行各物种之间标准化的，也有基...