python---生信 - 专题

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python---生信

收录了28篇文章 · 51人关注

一行命令完成RNAseq差异分析+火山图+散点图
今天来给大家分享的是：怎么一行命令完成RNAseq数据差异分析+火山图+散点图。一、准备3个文件： 1、基因表达count文件：gene_co...

1.7 邓老师呦 2 27
seaborn.heatmap的初步学习
参考官网教程，首先看看seaborn.heatmap的函数定义形式 numpy数组绘制热图随机创建10行12列的数组，定义一个子图宽高为9和6...

0.2 潘雪雯 8 4

python脚本截取fastq序列
前言最近在学习单细胞方面的知识，遇到了一个小的需求就是截取需要的fastq序列。先来说一下为什么有这个需求，一般来说单细胞的测序文件有三个...

2.5 生信云笔记 0 15
R语言用列数据画PCA带椭圆图
之前找了很多信息，见到的都是用行画PCA，用列的大多都是使用fviz_pca_var这个函数，但这个函数椭圆我又死活加不上，再加上画椭圆时的分组...

0.3 清珺 1 3
python处理fasta文件序列
1.获取给定DNA序列的反向互补序列: 思路：从一个文件中导入序列，然后将互补后的结果输出到另外一个文件中。先定义的一个字典： compl...

0.5 东风008 1 10
当物种组成柱状图配上聚类数
前两天在公众号植物与根际微生物生态看到一篇转载的文章，关于聚类与物种组成柱状图的：翻看了作者的代码，基本是用R base写的，我想着能不能用Y...

2.7 研究僧小蓝哥 1 12
R package：circlize环状热图
1.读取基因表达数据这是我的基因表达量数据 1.1提取部分数据集 1.2提取基因表达值所在的列，组成新的矩阵，并将矩阵转置为什么要转置，参考...

1.7 佳名 1 22

R数据可视化11:相关性图
之前我们用热图的形式展现了相关关系，今天我们来用另外几种形式来展现相关关系的图。本文代码来源：Visualize correlation mat...

9.3 jlyq617 4 89
PCA在R语言中的实现
PCA 简介 PCA（Principal Component Analysis），即主成分分析。PCA是一种研究数据相似性或差异性的可视化方法，...

0.9 研究僧小蓝哥 0 15
群体遗传学与重测序分析
分子层面对生物的研究，在个体水平上主要是看单个基因的变化以及全转录本的变化（RNA-seq）；在对个体的研究的基础上，开始了群体水平的研究。如果...

7.0 研究僧小蓝哥 10 144 1