写在前面 本文主要参考生信小白2018[https://www.jianshu.com/p/bb4281e6604e]与多啦A梦的时光机[https://www.jiansh...
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生信 | 构建物种的OrgDb -
R读取数据出现“line 1 appears to contain embedded nulls”的解决方法
由于数据可能在Windows下编辑过，保存的是UTF-16的格式用R读取可能会出现以下问题。这种情况有以下三种解决方案。 解决方法一：fileEncoding="UTF16L...
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ubuntu 18.04 安装中文输入法我们的 Linux 漫游之旅已经开始有那么几天了，在前面的文章中，如果你一路跟下来的话，我相信现在你的电脑打开已经和别人的不一样了。你的同学、朋友、同事看到你的电脑都会问你一...
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RNASeq实战练习-hisat2比对与featurecounts定量
hisat2 构建索引 hisat2 比对 hisat2 比对软件将 reads 比对到参考基因组[https://www.jianshu.com/p/e9cebbd8ef5...
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Qiime1-17.PICRUSt-16S预测宏基因组？
16S扩增子测序是对细菌中具有代表性的序列进行测序，相比宏基因组测序，16S扩增子测序无法提供基因功能信息，只能给出菌群丰度信息。但是PICRUSt工具可以帮助我们基于16S...
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微生物多样性qiime2分析流程(3) 使用figaro来得到dada2正反向截断参数
dada2插件对原始数据paired-end-demux.qza进行质量过滤需要两个参数，trunc-len-f和trunc-len-r。这个想法是通过尽可能多地删除较低质量...
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基于R语言的微生物群落组成多样性分析——聚类分析一、工作目录设置 二、R包的安装与加载 三、加载数据 加载的数据同样是列为样本名、行为OTU的OTU表格： 四、计算距离矩阵 使用vegan包中的vegdist()函数计算距...
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基于R语言的微生物群落组成多样性分析——物种丰度可视化之弦图（Chord Diagram）引言 上一期内容我们介绍了基于R语言使用热图（Heatmap）对微生物丰度进行展示，今天这期内容主要介绍如何使用弦图（Chord Diagram）来展示物种丰度的计算...
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微生物多样性qiime2分析流程(10) 数据可视化分析(中) 之绘制物种组成图前面一系列可视化教程，都是通过将数据整合成phyloseq对象再运用MicrobiotaProcess包已经封装好的函数进行可视化操作，虽然简洁好用，但是灵活性不足，现在让我...
