秋天该很好。
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2019-05-21-多基因联合建树软件astral方法
description astral是基于java开发的根据一组无根的genetrees建立speciestree。 tutorial steps installation ...
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Linux安装PartitionFinder2后能打开，但脚本运行报错：tables.exceptions.HDF5ExtError: HDF5 error back trace…（意外解决）
参考PartitionFinder2官方Manual及知乎、简书博主的经验安装如下： 最终安装上了Partitionfinder2，倍感欣慰，软件安装环境及依赖包，有...
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PartitionFinder2的Lunix安装与使用 2021-07-23PartitionFinder官网http://www.robertlanfear.com/partitionfinder/[http://www.robertlanfear...
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人类简史：（1.5）人类起源——动物神经系统演化
人类是物质与意识的综合体，高度发达的意识性是人类区别于其它物种的重要特征之一。神经系统是在动物进化过程中逐渐演变发展起来的。这是一个从无到有、从分散到集中、从简单到复杂的演化...
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[基因组工具]seqkit的使用
SeqKit的学习 --20191017 软件的介绍 SeqKit是一种跨平台的、极快的，全面的fasta/q处理工具。SeqKit为所有的主流操作系统提供了一种可执行的双元...
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2022-06-08 seqkit的一些常见使用
转自：https://www.51xxziyuan.com/54/3865.html 1.大文件拆分 -l, --by-length string split sequen...
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fastsimcoal2推断群体演化历史(Demographic history)1. 群体演化历史分析的案例： 群体演化包括有效群体大小(Ne)变化、基因流，迁徙，分化等，会对等位基因频率产生显著影响，塑造了现有遗传多样性的模式和水平。群体演化、遗传漂变...
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R语言画三维散点图展示主成分分析（PCA）的结果主成分分析完如果选用前两个个主成分画散点图，自己的各个类群分组不是很明显，这个时候可以选用3个主成分，画一个三维的散点图来看看。但是之前自己也没有画过，正好今天有人问到了这个...
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bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程call SNP GATK bwa+samtools 参考文档 一、原始数据处理 测序得到的RAW DATA，使用NGSQCToolkit进行过滤$PATH/Il...
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PSMC软件分析群体历史有效群体大小步骤（bcftools+PSMC)）
PSMC软件分析群体历史有效群体大小流程 1 文件转换 基因组文件格式为.bam，callsnp之后，再转换为.fq.gz格式才能做为PSMC输入文件 bcftools mp...
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2023《Nature Plants》群体基因组学揭示面包小麦及其近缘种的全新世历史https://mp.weixin.qq.com/s/Civ7HUk1z94Bi36U6te2Nw[https://mp.weixin.qq.com/s/Civ7HUk1z9...
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PSMC分析有效群体大小（Ne）
1 软件准备 bwa samtools bcftoolspicard psmc 2 数据准备 二倍体物种（该分析是结合杂合度来分析的）！！ Ref_genome.fa: 组装...
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空间单细胞｜基于图像的数据分析（3）引言 在这篇指南[https://satijalab.org/seurat/articles/seurat5_spatial_vignette_2]中，我们介绍了Seurat...
