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ls *.fq.gz | while read f; do b="${f%.fq.gz}.bam"; if [ ! -f "$b" ]; then echo "$f"; fi...

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最近有多个朋友问我关于二代重测序数据的分析问题（clean data 到vcf），我写了一个完整的步骤如下，若你是多个样品进行分析，最好是写 循环语句，这里我仅举一个例子“s...

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1. bam2fasta -o xx.ccs.bam 2.hifiasm -o xjg04 -t 50 --hg-size 1.5g xjg.hifi.original.fa...

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宏基因组二代测序结果binning之后的序列可能存在重复，首先使用prokka将binning后的序列转化为蛋白序列， 再使用CD-hit 命令默认参数将序列进行去重复 然后...

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for file in */umap.svg; do mv "$file" "$(dirname "$file")/$(basename $(dirname "$file")...

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ls *.fa | paste -sd " "解释一下 查看其他草稿 该命令由两部分组成： ls *.fa：列出文件夹中所有以 .fa 结尾的文件。 paste -sd " ...

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可以在命令行模式中快速查看生成的图片 输入上述命令后在浏览器中输入远程服务器的地址后加入:8000即可

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已知表格1中内容为： Pangenome_ALLmergeMGAL10B.pepOrthogroup HT_HIFI_Bat0035260.1MGAL_10B003480P1...

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import pandas as pd # Load the Excel file into a pandas DataFrame df = pd.read_excel('C...

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提取以P1结尾的全部序列 awk '/^>.*P1$/{flag=1;print;next} />/{flag=0} flag' xxx.fa > P1_xxx.fa 这个命...

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1.修改服务器hostname hostname 查看当前主机名 修改主机名为： hostnamectl set-hostname [修改后的名字] 2. 将主机的ip 添加...

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检测目录下所有文件的md5值 find ./目录 -type f | xargs md5sum > md5.txt

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vcf-query -l xx.vcf 在进行admixture运算时，需要染色体名称为整数，常需要提取vcf文件中的染色体名称，并进行修改，需要以下几步。 第一步：提取vc...

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mawk '!/#/' xxx.vcf | wc -l 1.新建了conda 2brad 环境 2.安装一系列软件，pear samtools bcftools plink，...

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举例：输出sam文件的id中##*/表示删除id中从左往右遇到“/”时左边的全部内容以及“/”.
for id in $(ls ../00.extracted/*gz | sed 's/.fq.gz//'); do echo "bowtie2 -p 20 -x ../02.ref/gipl -r $id.fq.gz -S ${id##*/}.sam"; done > bowtie2.sh

文件改名2 利用for循环

for id in $(ls */*_refine -d); do mv $id/metawrap_70_50_bins $id/step1; done 统一修改文件夹的名字...

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sed 's/_/ /1'替换每一行中的第一个_为空格 sed 's/_/ /2' 替换每一行中的第二个_为空格

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Linux 两个文件求交集、并集、差集 一、交集 sort a.txt b.txt | uniq -d 二、并集 sort a.txt b.txt | uniq 三、差集 a...