要做选择性消除分析，首先就要把如下的理论记住熟记于心。 中性进化假说： 分子水平上，生物的演化或物种的进化并不是自然选择引起的，而是由中性/近中性的突变等位基因经过遗传漂变引...
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群体进化选择消除分析 -
基因流分析——Treemix基本概念： 基因流（也称基因迁移） 是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质，从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因，是遗传变异一个非...
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无参转录组序列组装 — Trinity转录组分析策略 转录组分析策略根据有无参考转录组可以分为两类： 有参比对—定量—差异分析—功能富集分析等 无参组装—定量—差异分析—功能富集分析等image 无参考转录组序列...
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重测序数据（简化基因组和非简化基因组）的Clean data 到snp-indel的vcf步骤
最近有多个朋友问我关于二代重测序数据的分析问题（clean data 到vcf），我写了一个完整的步骤如下，若你是多个样品进行分析，最好是写 循环语句，这里我仅举一个例子“s...
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RNA-seq 数据处理（二）StringTie 转录本组装StringTie 是用于 RNA-seq 的转录本组装和定量软件。 本文只是个笔记记录，更详细的内容还是要看说明书。 StringTie: Transcript assem...
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利用purge_haplotigs去杂合当基因组某些区域可能有着比较高的杂合度，这会导致基因组该区域的两个单倍型被分别组装成primary contig， 而不是一个为primary contig， 另一个是ass...
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用k-mer分析进行基因组调查：（一）基本原理（全文5058字） 【推荐】用Smudgeplot评估物种倍性后，用组合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍体物种的基因组调查，用组合KMC+GenomeS...
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minimap2 + samtools 比对参考序列，并提取unmapped reads
一、minimap2 Manual Reference Pages - minimap2 (1)[https://lh3.github.io/minimap2/minima...
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二代群体遗传与重测序（上）上已完结，中见https://www.jianshu.com/p/0147afc3334c[https://www.jianshu.com/p/0147afc3334c] 零...
