最近有多个朋友问我关于二代重测序数据的分析问题（clean data 到vcf），我写了一个完整的步骤如下，若你是多个样品进行分析，最好是写 循环语句，这里我仅举一个例子“s...
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重测序数据（简化基因组和非简化基因组）的Clean data 到snp-indel的vcf步骤
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RNA-seq 数据处理（二）StringTie 转录本组装StringTie 是用于 RNA-seq 的转录本组装和定量软件。 本文只是个笔记记录，更详细的内容还是要看说明书。 StringTie: Transcript assem...
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利用purge_haplotigs去杂合当基因组某些区域可能有着比较高的杂合度，这会导致基因组该区域的两个单倍型被分别组装成primary contig， 而不是一个为primary contig， 另一个是ass...
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用k-mer分析进行基因组调查：（一）基本原理（全文5058字） 【推荐】用Smudgeplot评估物种倍性后，用组合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍体物种的基因组调查，用组合KMC+GenomeS...
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minimap2 + samtools 比对参考序列，并提取unmapped reads
一、minimap2 Manual Reference Pages - minimap2 (1)[https://lh3.github.io/minimap2/minima...
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二代群体遗传与重测序（上）上已完结，中见https://www.jianshu.com/p/0147afc3334c[https://www.jianshu.com/p/0147afc3334c] 零...
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转录组分析（三）--GO及KEGG富集分析及可视化（包括条形图及气泡图）（对差异基因的可视化）
GO分析（上下调基因分开做，可用于BP,CC,MF分开画图） GO分析（上下调一起做，强烈推荐，可以看整体结果，并可选取其中的部分画图） GO 条形图（上下调一起，不过BP,...
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RNA-seq数据分析一：(HISAT2+featureCounts）
将 gff 文件转成 gtf (featurecounts需要使用gtf文件) 构建参考基因组的索引文件 hisat2批量比对 bam文件排序 featurecounts 定...
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使用stack分析RAD-seq一次简化基因组数据分析实战 尽管目前已经有大量物种基因组释放出来，但还是存在许多物种是没有参考基因组。使用基于酶切的二代测序技术，如RAD-seq，GBS，构建遗传图谱是研究...
