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@eedfcdf92db1 单个基因集啥意思？
【R>>ssGSEA】制作GSEA需要的gmt文件
GSEA文件有8类基因集，基本上可以解决80%-90%用到的问题，当然，我们都还有个性化需求，这个时候就需要我们自己动手啦。先来观察下GSEA需要的gmt文件格式(h.all...
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【R>>ggplot2】去掉legend在ggplot2画图过程中，有时候需要去掉legend，这个时候怎么办呢？这个情况需要在theme()中找legend.position函数来帮忙。当设置legend.pos...
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GSEA软件的二次作图我们知道，用GSEA的java软件分析的结果之后，默认的图是png，而且只有72 dpi，比如下面这样的 其实颜值也还好，但是很模糊，这是很不方便用于发文章的，那么有没有一些...
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使用log2FC排序的基因集进行GSEA分析目前做GSEA主要有两种办法，一种是使用GSEA的java软件，另一种是使用R语言包，当时还有在线的工具做GSEA的数据也有两种，一种是有基因表达矩阵和分组，另一种是使用两列...
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@DrZzzzz 没
免疫01：预后模型+肺癌（7.36分）
免疫分析一直是肿瘤研究的热点，下面就来看一篇中规中矩的免疫基因加预后分析的文章。题目：Clinical significance and inflammatory lands...
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Q：非肿瘤>>IC/BPS间质性膀胱炎？无意中看到一篇关于IC/BPS的非肿瘤文章，还有临床验证，非常值得模仿。 Title: Bruton tyrosine kinase (BTK) may be a poten...
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首次揭示 SLC22A12 可能是抑制 ccRCC 进展的诊断和预后生物标志物Low Expression Levels of SLC22A12 Indicates a Poor Prognosis and Progresses Clear Cell ...
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Seurat对象数据结构1、标准流程里面的过滤三步骤，也可以用 SCTransform 代替 Seurat基本教程[Seurat%E5%9F%BA%E6%9C%AC%E6%95%99%E7%A8%8...
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RNA-seq入门实战（一）：上游数据下载、格式转化和质控清洗本节概览：1.在文章中找到 GEO accession number, 从NCBI获取数据SRR号2.在linux中使用prefetch命令根据SRR号下载SRA文件3.使用...
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R语言~高级PCA分析主成分分析，不只需要找到几个虚拟但不知具体为何物的主成分因子，还需要知道我们提供的变量在各个主成分因子上的载荷（有正有负）和贡献度，以及具体保留多少个主成分因子才能既尽量保留...
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【R>>scRNA】单细胞交响乐2-从实验到下游分析workflow一直在路上，人生才会充满无限可能。 先定个小目标，系统的学习完刘小泽老师的《单细胞交响乐1-31》[https://www.jianshu.com/p/70b45492d29...
