导读 前面已经介绍了获取菌属相对丰度表的方法，以及多样性分析中的基本概念和计算方法。接下来将开始介绍一种寻找组间差异细菌的常用方法LEfSe。LEfSe（Linear dis...
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16S测序分析（三）用LEfSe寻找组间差异细菌 -
R：Bray-Curtis NMDS导读 Bray-Curtis NMDS降维分析菌群结构。 一、输入数据 1.1 菌属丰度矩阵 1.2 样品分组 二、BC NMDS函数 三、分析及结果 3.1 结果文件 3....
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非度量多维尺度（NMDS）分析及R绘图先上图 注：填充颜色由AI处理。 （样本和分组文件如下）（这里只是展示数据形式并不是原数据（分组名与代码中不一样）） vegan分析数据 行名样本，列名物种，内容丰度。 绘图...
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R语言：菌群Alpha多样性分析和Boxplot箱形图导读 箱型图（Boxplot）或者盒图是一种能同时展示一组或多组数据的极值、四分位数、中位数和离群值，显示数据离散情况的统计图。下面介绍一下如何在R软件中利用箱形图可视化两组...
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QIIME2微生物组分析流程
QIIME2功能介绍 1、数据导入 示例 2、生成OUT表 示例 3、操作特征表 特征表统计 过滤特征表：过滤样本 4、多样性分析 核心多样性（无系统发育树） alpha多样...
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扩增子测序中OTU表进行抽平的两种方式A random rarefaction of sample reads according to a specific reads length (usually the ...
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R：从otu表中提取门、属丰度表
导读 qiime2会直接给出各个分类水平的丰度表，用R语言也可以从otu表中抽提出各个水平的丰度表。这次仅分享代码，不模拟数据了。 一、数据 一个常见的OTU表 二、抽提门丰...
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微生物多样性alpha分析看不明白？看这里！在微生物多样性分析的报告中主要包括五个部分：Alpha多样性分析、Beta多样性分析、物种组成分析、进化关系分析、差异分析，其中Alpha多样性分析是生态学中生物多样性的一个...
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用SPSS做独立样本T检验SPSS是一款非常实用的统计分析软件，被广泛应用于自然科学、社会科学的各个领域。现实生活中，我们可以用SPSS来做一些统计分析，比如，我想分析班上男生和女生的数学成绩是否存在...
