最近跑通了一遍GWAS分析，全程在linux操作，虽然具体还有好多需要微调的地方，先把代码整理分享出来mark一下 前期准备 1.理论知识 强烈推荐百迈客云课堂课程GWAS生...
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跑通GWAS，用这些脚本就够了 -
GWAS
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GWAS数据分析
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绘制 SNP 密度图一般使用 CMplot 绘制SNP密度图：包链接：https://github.com/YinLiLin/R-CMplot 要绘制 SNP 密度图，仅仅需要三列即可：a. 第...
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全基因组关联分析 (GWAS) - 简介在硕士就读期间，就已经做过 GWAS 相关的分析。当时标记量非常少， windows 系统分析就足够了，作图方面涉及的脚本也基本是蔡师兄帮写的。后来，随着高通量测序成本的降低...
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全基因组关联分析（GWAS）-群体结构与亲缘关系1、群体结构及其对 GWAS 的影响 群体结构的来源image.png群体结构对GWAS的影响--混淆变量Ancestry可以导致混淆变量（confounding varia...
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全基因组关联分析（GWAS）-统计方法与模型简介1、基本统计学概念 假设检验• 零假设(H0):即原假设• 备择假设(H1):与零假设对立的假设• 计算零假设(H0)成立的概率• 如果H0成立的概率很低(e.g. 5% o...
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全基因组关联分析（GWAS）-基本分析内容1、GWAS 流程 image.png数据质控• 1）按分型百分比条件过滤，多数文章剔除缺失率在20%以上的位点，样本量较大的群体中，可以将缺失率小于50%的位点都保留；• ...
