一、技术背景 蛋白质作为生命活动的重要分子之一，发挥着关键的作用。蛋白质的作用大多通过蛋白质之间的相互作用得以发挥，众多研究蛋白质互作的技术被开发出来。其中Co-IP全称Co...
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更低假阳性概率的蛋白互作研究技术——免疫共沉淀Co-IP -
RNA-seq转录组数据分析丨一套完整的案例流程
今天分享的学习笔记是一套转录组分析简单流程，适用于初学者入门阅读，从原始测序数据开始，经过质控、序列比对、定量表达、差异表达、功能富集等一系列分析步骤，最终获得基因表达信息。...
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批量提取某通路基因并用于下游分析前言：实验中往往比较关注某一信号通路基因的表达变化，而通过文献检索或利用转录组测序结果筛选，往往信息不全，缺乏系统性，如何提取出重点关注的信号通路上所有基因的序列，并进行下游...
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GO和KEGG学习笔记2——可视化（R代码）在笔记1中，完成了GO和KEGG的enrich，后面的可视化其实非常简单。 1.气泡图~ dotplot(ego,font.size=5,showCategory=30) 2...
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R语言可视化之ggplot2——KEGG通路富集分析之前分享了如何用ggplot2可视化GO分析的结果。既然做了GO，当然少不了KEGG了。 1. 数据准备 同样的，我们从DAVID[%5Bhttps://david.ncif...
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赠你一只金色的眼 - 富集分析和表达数据可视化
GOplot包介绍 GOplot包用于生物数据的可视化。更确切地说，该包将表达数据与功能分析的结果整合并进行可视化。但是要注意该包不能用于执行这些分析，只能把分析结果进行可视...
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手把手教你做GO功能富集可视化图最近有同学私聊我能不能出一期GO功能富作图并且提出要求 要非常简单 小白一看就会的那种 那么如何对这些基因进行功能富集呢？应要求必须为简单的~ 那就用在线工具富集 这里...
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TCGA转录组差异分析后多种基因功能富集分析：从GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID转换）测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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R数据可视化7:气泡图 Bubble Plot“气泡图”这个名字听着就很可爱是不是！今天让我们来看看这个气泡图长什么样，可以展示什么样的数据，以及如何用R作图。 什么是气泡图 气泡图（Bubble Plot）就是由一个个...
