现在生信环境太乱。杂志社审稿人并非专业生信人，研究人员更多的还是想水文，加上一部分研究人员对代码只是复制粘贴，造成很多处理错误。审稿人懂还好，能把这种最低档水文拦住，关键审稿...
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某些生信套路的可靠性非常低
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关于TCGA（癌症基因组数据集）使用指南The cancer genome atlas(TCGA)数据库储存20多种癌症的基因组数据，作为生信喵少不了要下载上面的数据来分析。写篇文章介绍一下，也加深自己的印象。 T...
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【包】seurat-2 多组学联合写在前面：看官方文档，很可能会误认为很简单，或者有些人直接延用官方的路径。这都是不可取的，最重要的永远是自己的思路，不仅是科研方面的，还是代码绘图方面的。官方的绘图函数虽然比...
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【包】ggrepel基本功能 geom_text_repel() geom_label_repel() 参数 example 1.给名称赋‘’（空值）来控制显示哪些labels2.显示所有lab...
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【包】seurat-1 细胞分类1. Guided Clustering Tutorial Read10X读来自10X的数据，读出来是行为特征，列为细胞的矩阵CreateSeuratObject构建seur...
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【块】生信上游-2 基本流程建议阅读的文章 Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a...
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【块】生信上游-3 fastp
这一篇只是fastp的官方manual，后面再放实操。 1. 主要功能 质量检测 排除质量较差的reads 剪掉质量低的碱基片段 reads首尾剪切 校正低质量碱基 poly...
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【块】生信上游-4 HISAT2
很接近bowtie2与bwa 1. 基本流程 1.1. 建立参考基因组hisat2-build可为UCSC、NCBI、Ensembl等来源的fasta文件，多个文件以逗号分隔...
