现在生信环境太乱。杂志社审稿人并非专业生信人，研究人员更多的还是想水文，加上一部分研究人员对代码只是复制粘贴，造成很多处理错误。审稿人懂还好，能把这种最低档水文拦住，关键审稿...
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某些生信套路的可靠性非常低
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关于TCGA（癌症基因组数据集）使用指南The cancer genome atlas(TCGA)数据库储存20多种癌症的基因组数据，作为生信喵少不了要下载上面的数据来分析。写篇文章介绍一下，也加深自己的印象。 T...
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【包】seurat-2 多组学联合写在前面：看官方文档，很可能会误认为很简单，或者有些人直接延用官方的路径。这都是不可取的，最重要的永远是自己的思路，不仅是科研方面的，还是代码绘图方面的。官方的绘图函数虽然比...
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【包】ggrepel基本功能 geom_text_repel() geom_label_repel() 参数 example 1.给名称赋‘’（空值）来控制显示哪些labels2.显示所有lab...
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【包】seurat-1 细胞分类1. Guided Clustering Tutorial Read10X读来自10X的数据，读出来是行为特征，列为细胞的矩阵CreateSeuratObject构建seur...
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【块】生信上游-2 基本流程建议阅读的文章 Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a...
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【块】生信上游-3 fastp
这一篇只是fastp的官方manual，后面再放实操。 1. 主要功能 质量检测 排除质量较差的reads 剪掉质量低的碱基片段 reads首尾剪切 校正低质量碱基 poly...
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【块】生信上游-4 HISAT2
很接近bowtie2与bwa 1. 基本流程 1.1. 建立参考基因组hisat2-build可为UCSC、NCBI、Ensembl等来源的fasta文件，多个文件以逗号分隔...
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【块】生信上游-6 Salmon两种模式：mapping-based mode与alignment-base mode特点：fast, built-in selective-alignment mappin...
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【块】生信上游-5 StringTiehighly efficient assembler of RNA-Seq alignments into potential transcripts 1. 基本代码 str...
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【块】单细胞-1 基本流程
大多参考曾老师的内容，整理学习路线 阅读： Current best practices in single‐cell RNA‐seq analysis: a tutoria...
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【块】生信上游-1 数据格式文章很多内容参考网上各处资源，整理出来方便学习 数据格式：作用主要是储存，tabix索引，浏览器展示 1.BCL： 测序下机文件格式 2.FASTQ FASTQ files ...
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外媒科技文献-第32期 枸杞枸杞的功效 Avert diabetes[https://www.healthlogus.com/health-benefits-of-lycium-barbarum-goj...
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【点】网络药理学汇总最近又做了一次这个东西，感觉意义确实不明显，主要还是因为现有数据库的质量不够吧，但是在大范围抓鱼上面还是有点借鉴意义的，就如同生信一般，想做出亮点离不开扎实的湿实验，而且目前...
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【点】model.matrix
很少见到类似的介绍。虽然说没啥用，不过确实有人会搞不明白各种函数之间的关系lm()创建线性模型，主要用来拟合 定量数据~定量数据aov()用来拟合 定量数据~分类数据/等级数...
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【包】limma介绍
该文档内容来自limma包introduction文件的学习与整理 写在前面：芯片数据的分析流程及关键词：microarray由spots组成，spots是由printer ...
