为什么我要干这样的傻事，为了让以后自己不干这样的傻事，记录一下这无语的代码，我也是醉了。再也不想用perl了，我要学习基于python的snakemake和nextflow语...
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扩增子分析：基于qiime2平台处理raw data的简单perl流程 -
自建go和kegg数据库2022-08-03
小众或非模式生物的自建库GO/KEGG富集分析https://zhuanlan.zhihu.com/p/389005258[https://zhuanlan.zhihu.co...
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小功能 | 快速准确地进行两个物种的基因ID转换很多时候，我们拿到一个物种的一堆基因ID，比如关联分析出来的？或者是差异表达分析出来的。我们会开始想，这些基因的功能是什么，或者直接一点，这些基因的同源基因在另一个物种是哪个...
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R语言学习之Shiny入门Shiny是一个R程序包，它有助于使用R代码创建交互式Web应用程序，该代码可以在本地也可以在自己的服务器上托管。shiny可以从极其简单到极其复杂。在其众多用途中，Shin...
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R语言基础入门(6) slice根据索引按行操作数据
本节来介绍dplyr中的行选择函数slice，此函数可轻松的按照索引对行进行处理 取前3行 取第三行至最后一行 取第5行至最后一行 取最后一行 取前5行 取最后5行 将第一行...
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文献解读：两条件时间序列转录组的基因共表达网络文献 2019 PNAS Comparative transcriptomics method to infer gene coexpression networks and...
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进化树 | 给定列表，从一棵大树上抽出你要的小树前几天，有一个合作课题的朋友临时提到，现在咱们几百个样品有一个树，但是我只想看其中30个样品的树，怎么办？尤其是，他正好有只有这 30 个样品的一些数值矩阵云云。当然，最简单...
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[基础]查看Linux服务\进程\内存等基本命令使用在Linux下每个执行得程序或应用都称为一个进程，类似于Windows系统中的任务管理器，同样的我们在Linux中也可以通过查看类似得进程以及应用 vmstat命令 vmst...
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ggtreeExtra的开发及其在宏基因组上的应用
开发ggtreeExtra的初衷 因为我之前工作的时候主要是做微生物组学数据的分析工作，工作中往往需要对这些数据进行可视化以方便数据展示与解析，简单的可视化还好，有ggplo...
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基于全基因组的基因家族分析（4）：R包ggtree构建SlNramp家族进化树继续之前还没有完成的内容。因为最近在学习Y叔的R包--ggtree，所以就顺便拿这个内容来进行展示，作为一个例子来记录。nwk树文件和R代码文件我已经放在github：htt...
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如何通过一致性聚类实现对表达谱数据的亚型分类
通过ConsensusClusterPlus包对基因表达谱执行一致性聚类（Consensus Clustering） 在大样本的组学分析中，经常需要讨论样本的分子分型。文章...
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一文完不成qiime2微生物多样性分析(2021版上)
之前写过一系列qiim2的教程都是零零散散的记录，里面也有不少命令打错的步骤给各位小伙伴造成了不少的疑惑，恰逢qiime2-2020.11发布，所以就在重新总结一次，这次稍后...
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使用seqkit批量替换序列ID
在进行组装和比对过程中，要将测序ID替换成物种学名，一个一个替换太慢了，发现seqkit有这个功能。 seqkit replace --ignore-case --kv-fi...
