生信记

@林心青石 丰度（百分数）是自己写的，但是你如果要对比可以用kraken2的-use-mpa-style输出metaphlan的格式然后合并，这样就可以直接对比看了

Kraken2+Bracken

1. 简介 Kraken2是一个基于k-mer算法的高精度宏基因组序列分类软件，能够快速的将测序reads进行物种分类。 Kraken2官网[http://ccb.jhu.e...

生信记

19480 34 15

生信记

1. 你可以确认下你用的数据库是不是够全；
2. 宏基因组未分类的比例一般都挺高的，也有可能跟你的样本有关。

Kraken2+Bracken

1. 简介 Kraken2是一个基于k-mer算法的高精度宏基因组序列分类软件，能够快速的将测序reads进行物种分类。 Kraken2官网[http://ccb.jhu.e...

生信记

19480 34 15

生信记

这也是一种丰度，不过分母是你输入的总数据量，如果符合你的设定也是可以的；但是要注意下unclassified占比是不是高，要不丰度整体偏低。

Kraken2+Bracken

1. 简介 Kraken2是一个基于k-mer算法的高精度宏基因组序列分类软件，能够快速的将测序reads进行物种分类。 Kraken2官网[http://ccb.jhu.e...

生信记

19480 34 15

生信记

是不是你命令有问题，如果方便可以贴图上来看看

Kraken2+Bracken

1. 简介 Kraken2是一个基于k-mer算法的高精度宏基因组序列分类软件，能够快速的将测序reads进行物种分类。 Kraken2官网[http://ccb.jhu.e...

生信记

19480 34 15

生信记

可能我没太明白你问题，这些都是在shell脚本

Kraken2+Bracken

1. 简介 Kraken2是一个基于k-mer算法的高精度宏基因组序列分类软件，能够快速的将测序reads进行物种分类。 Kraken2官网[http://ccb.jhu.e...

生信记

19480 34 15

生信记

@浪客剑心_90d1 这是你下载的db下没有原始fa序列，可以换成第二种或第三种下载方式

Kraken2+Bracken

1. 简介 Kraken2是一个基于k-mer算法的高精度宏基因组序列分类软件，能够快速的将测序reads进行物种分类。 Kraken2官网[http://ccb.jhu.e...

生信记

19480 34 15

生信记

https://github.com/jenniferlu717/KrakenTools
这里可以下载，可以试试

Kraken2+Bracken

1. 简介 Kraken2是一个基于k-mer算法的高精度宏基因组序列分类软件，能够快速的将测序reads进行物种分类。 Kraken2官网[http://ccb.jhu.e...

生信记

19480 34 15

生信记

是的，reads数目；除以样本总reads数也是一种丰度计算方法；我常用的计算方法如下：
1. 先将不同分类（门、纲、目、科、属、种）水平拆分开；
2. 计算每个分类水平物种的other，例如A属（G）有n条reads，共鉴定出A_1（n_1条reads）和A_2（n_2条reads）两个种（S），那A_other = n-（n_1+n_2）;
3. 再计算每个分类水平的总other，为样本总reads减去当前分类水平的所有reads的和（包括每个物种的other）；
4. 然后再每个分类水平均一化一下就可以了；

Kraken2+Bracken

1. 简介 Kraken2是一个基于k-mer算法的高精度宏基因组序列分类软件，能够快速的将测序reads进行物种分类。 Kraken2官网[http://ccb.jhu.e...

生信记

19480 34 15

生信记

可以，-use-mpa-style就是metaphlan2格式

Kraken2+Bracken

1. 简介 Kraken2是一个基于k-mer算法的高精度宏基因组序列分类软件，能够快速的将测序reads进行物种分类。 Kraken2官网[http://ccb.jhu.e...

生信记

19480 34 15

生信记

@生信记 更正下不加是树状结构，上文“结果展示”是加了--use-mpa-style参数的结果样式

Kraken2+Bracken

1. 简介 Kraken2是一个基于k-mer算法的高精度宏基因组序列分类软件，能够快速的将测序reads进行物种分类。 Kraken2官网[http://ccb.jhu.e...

生信记

19480 34 15

生信记

有的，上文也有写
conda install -y bracken

Kraken2+Bracken

1. 简介 Kraken2是一个基于k-mer算法的高精度宏基因组序列分类软件，能够快速的将测序reads进行物种分类。 Kraken2官网[http://ccb.jhu.e...

生信记

19480 34 15

生信记

--use-mpa-style这个是report的输出格式不同，可以加上和不加上看下report的格式，不加是一个树状的结构的结果，不加就是上文提到的结果。

Kraken2+Bracken

1. 简介 Kraken2是一个基于k-mer算法的高精度宏基因组序列分类软件，能够快速的将测序reads进行物种分类。 Kraken2官网[http://ccb.jhu.e...

生信记

19480 34 15

生信记

自己顶一下

Kraken2+Bracken

1. 简介 Kraken2是一个基于k-mer算法的高精度宏基因组序列分类软件，能够快速的将测序reads进行物种分类。 Kraken2官网[http://ccb.jhu.e...

生信记

19480 34 15

生信记

1. 简介 Kraken2是一个基于k-mer算法的高精度宏基因组序列分类软件，能够快速的将测序reads进行物种分类。 Kraken2官网[http://ccb.jhu.e...