物种Verticillium dahliae Kleb 1.deseq2差异分析 只有count数据。按照count数据建立col data表格。 因为col data表格只...
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分析记录 | 差异分析和KEGG GO -
转录组入门（8）：差异基因结果注释作业要求 我们统一选择p<0.05而且abs(log2FC)大于1的基因为显著差异表达基因集，对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析。然后把表达矩阵和分组信息分...
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ChIP-seq基础入门理解ChIP-Seq 到了目前这个水平，我学习新的高通量数据分析流程时已经不再考虑代码应该如何写的问题了。我更多要去考虑一个技术的目的和意义。 转录组主要研究的问题是基因在不...
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高通量测序领域常用名词解释【转】
作为一个已经在生物信息行业摸爬两年的小白，还是有必要重新认识一下高通量测序领域的一些常用名词。什么是高通量测序？高通量测序技术（High-throughput sequenc...
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转录组入门(8)： 差异基因结果注释前言 我们统一选择p<0.05而且abs(logFC)大于1的基因为显著差异表达基因集，对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析。然后把表达矩阵和分组信息分别作出...
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转录组入门（7）：差异基因分析
作业要求 这个步骤推荐在R里面做，载入表达矩阵，然后设置好分组信息，统一用DEseq2进行差异分析，当然也可以走走edgeR或者limma的voom流程。基本任务是得到差异分...
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Exome-seq、ChIP-seq、RNA-seq之间的差异
本文转自沈梦圆的博客 全外显子测序是啥？转录组测序是啥？转录组测序又是啥？他们之间有什么差别么？傻傻分不清，不用怕，多学习下就会了，下面让我们一起来看看！ 1 温基础测序深度...
