在实践之前，我先查找了一下有关组蛋白修饰的知识点：（参考文章：https://www.jianshu.com/p/8aca72809c5c） 组蛋白修饰能预测染色质的类型（异...
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ChIP-seq实践(H3K27Ac,enhancer的筛选和enhancer相关基因的GO分析) -
把显著性添加给玩明白
1.编示例数据 到这一步，拿到了一个编的表达矩阵。 2.格式转换 表达矩阵要画ggplot2箱线图，肯定是要先转变格式的，否则ggplot2代码无法下手写。 3.画箱线图 [...
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linux下面安装java
root下面安装全局的JDK 以debian为例debian下载jdk：https://download.oracle.com/otn-pub/java/jdk/13.0.2...
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2 ***** ***** ERROR: Requested column 10, but database file - only has fields 1 - 8.
使用bedtools时报错： ***** ERROR: Requested column 10, but database file - only has fields 1 ...
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*** ERROR: illegal number ".". Exiting...
遇到的报错 ***** ERROR: illegal number ".". Exiting... ***** ERROR: Requested column 10, but...
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靓图教程！论文图片配色、线条及排版人都是视觉动物，喜欢漂亮的事物，看人的时候是这样，看文章的时候也是这样。有的文章排版疏朗，配图雅致，看着就叫人心旷神怡。 论文配图是医学研究 SCI 的一个重要板块，这也是文...
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6.Error in quantile.default(y, probs = seq(0, 1, length = groups)) : 'na.rm'如果设为FALSE的话不允许有遺漏值...
分训练集和测试集时：sam<- createDataPartition(meta$event, p = 0.05) 报错：Error in quantile.default(...
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5.Error in na.fail.default(list(time = c(8.066666 : 对象里有遺漏值
随机森林otu_forest <- randomForest(time ~ ., data = otu, importance = TRUE, ntree = 500) 报错...
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R语言进行相关性分析相关性分析 相关性分析是指对两个或多个具备相关性的变量元素进行分析，从而衡量两个变量因素的相关密切程度。相关性分析旨在研究两个或两个以上随机变量之间相互依存关系的方向和密切程...
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TCGA甲基化数据质量控制和差异分析（使用ChAMP包）参考文章：1.甲基化芯片入门学习-ChAMP包（二）2.TCGA数据库的癌症甲基化芯片数据重分析3.TCGA甲基化芯片数据质控和过滤4.甲基化芯片数据的差异分析5.甲基化芯片...
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limma 差异分析透彻讲解基因表达差异分析是我们做转录组最关键根本的一步，edgeR+limma是目前最为推荐的方式。本文结合示例数据，将对这个过程进行梳理，让你明白limma包的why，what，h...
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使用bedtools划分各种条件的bin
参考染色体大小文件chrom.size 将染色体划分为20bp为一个bin的区间 将染色体划分成20bp为一个bin滑动距离为10bp的区间 将每条染色体划分为5个相同大小的...
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聊UCSC xena的数据下载问题作者：白介素2 UCSC xena数据存储中心总览 UCSC xena的数据 存储仓库主要包括的数据有以下这些： TCGA hub Pan-Cancer Atlas Hub ...
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TCGA甲基化数据下载以及相关临床信息整理之前的文章里已经按照教程进行了TCGA数据库的一些练习（RNA-seq、芯片、生存分析），现在学习TCGA甲基化数据的分析过程。 参考文章：1.甲基化的一些基础知识2.Mak...
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