更多精彩内容请至我的公众号---KS科研分享与服务先加载需要的R包,都加载了,没毛病。 将loom文件读入R,提取数据。 第一个可视化:RSS分析,查看细胞类型特异性转录因子...
适用背景 之前写了一篇文章介绍四步完成单细胞数据调控网络流程分析[https://www.jianshu.com/p/71ed43163ce1],但生成的结果没有进行可视化,...
日常掰瞎 对于bulk-RNA来说,计算两个样本的相关性可以选取共有基因的表达值直接来计算相关系数,从而得到两个样本的关系性。那么单细胞如何计算呢?首先,我们需要明白一点...
调节性T细胞 调节型T细胞(Treg)细胞激活信号 TNFRSF9 (4-1BB) # PMID: 35121991 CD8+ T细胞 耗竭型T细胞(Tex)PDCD1,C...
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水滴石穿,非一日之功 本期内容同时发布于单细胞天地微信公众号。 在进行单细胞分析时,非常重要的一步就是聚类分群,而在这个过程当中经常令人困惑的是如何选择一个合适的分辨率(re...
测序上游分析系列: mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵:上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline:从raw r...
前面一篇文章介绍了monocle2,今天介绍一下monocle3。其实,Monocle3和Monocle2并没有本质上的区别,只是把降维图从DDRTree改成了UMAP。原因...
CIBERSORT的注意事项 CIBERSORT的使用,我们举了几个例子,但是还有一些疑问,只要有疑问在,就感觉心里不踏实。比如:1.CIBERSORT需要什么样的数据?是芯...