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第8篇：用网页版工具做功能分析和motif分析上一篇介绍了使用ChIPseeker对peaks的分布和邻近基因的注释。除此之外，下游分析通常还包括鉴定我们感兴趣的蛋白质结合的motif；鉴定这些结合区域的基因以及这些基因...
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生信技能树：https://vip.biotrainee.com/ Openbiox： https://community.openbiox.org/ 公众号：优雅R 生物数据分析QA，技术文档与博客，需要你的参与。 ……………………………… 欢迎在简书创作和做笔记的生信学习者、爱好者以及相关编程人员加入本专题，贡献你的文字，无论是原创还是笔记，我们需要你，将本专题打造为生信知识宝库、交流平台。 内容可以是对生物信息学与算法知识相关资源的收集、整理，以及原创笔记： * R * Python * Perl * Linux 工具与编程 * 绘图 * 统计 * 计算生物学 * 各类算法 * 机器学习
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UpSetR：集合可视化神包对于集合的可视化，第一时间想到的都是韦恩图（venn diagram），一般集合不超过5个的时候，可视化效果还是不错的 但是一旦数据集增加，比如说五个的时候，你就很难从图中解...
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R数据可视化11:相关性图之前我们用热图的形式展现了相关关系，今天我们来用另外几种形式来展现相关关系的图。本文代码来源：Visualize correlation matrix using corre...
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如何快速了解一个课题方向（基因家族）？简单记录一下，一般我是如何快速了解一个课题方向？此处还是以“基因家族”为例。 首先，直接上 CNKI 官方网站，检索基因家族名字，按「被引次数」排序，选择相对权威的期刊，如...
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PlantCARE预测植物启动子-顺式作用元件启动子 启动子是RNA 聚合酶识别、结合和开始转录的一段DNA 序列，它含有RNA 聚合酶特异性结合和转录起始所需的保守序列，多数位于结构基因转录起始点的上游,启动子本身不被...
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比较基因组分析—OrthoVenn和OrthoFinder的使用OrthoVenn2 OrthoVenn2是一个网页版的基因家族聚类工具，它基于OrthoMCL。选择要分析的物种，也可上传蛋白序列 分析结果 OrthoFinder 将多个...
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简明教程 | 用 PPT 做卡通热图 - eFP Graph?!写在前面 不少人应该知道，在生物模式，通路，调控机制上，PPT 已然是常规工具之一。类似的，那么画卡通热图，PPT一样靠谱。我们知道，Adobe Illustrator 和 ...
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关心一下你的研究材料？农林牧渔~写在前面 很多时候，我们会看到一些文稿，上来就是“我研究的物种如何如何重要”。其中，最有说服力的，或许就是，基于“FAO STAT”，品类产量几何几何。以前，我也不多关注这个...
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可视化！Circos 图绘制，更简单更灵活更方便~写在前面 为什么 TBtools 用起来舒服，相比于不少其他软件，同质非同质的？我想了很久，可能原因之一，即“开发者即用户本身”，简单来说，“我写的软件是就是给自己用的”，而...
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眼见为实！Sanger测序峰图比对到参考序列 - 直观！写在前面 前两天推了一款「TBtools」新插件，主要目的是方便 PCR 引物设计，尽量从数据层面上确保我们的引物可以特异扩增我们感兴趣的片段。但引物设计只是手段和过程，我们...
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「BLAST Zone」plus「一键进化树」写在前面 那天夏老师突然给我了一个电话，大体是提了这么一个想法，亦即，「BLAST Zone」挺好的，但如果可以加上「One Step ML Tree」似乎就更好了。当然，这...
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SCAU Class | 课程作业「基因家族分析」流程参考作业要求 提供一份分析报告，可以以学术论文格式撰写，包含以下部分 选定物种与目标基因家族的原因 家族成员主要特征介绍（基于广泛文献检索) 物种基因组序列与注释信息获取 基于 ...
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TBtools | 在 Motifs 上标记 Domains 的覆盖状况~写在前面 最近在做一些序列分析，发现很久以前的一个看起来或许没啥用的功能，其实还是有用。大体就是，当我们在分析某个家族成员的时候，我们或许想知道，到底感兴趣的分支，相对于其他...
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快速查找基因qPCR引物并验证（良心的商业化序列）1.打开Google搜索，以ALB基因为例。 2.输入“ALB qPCR primer” 3.出现origen公司的网页，并指向了商业化的qPCR引物，非常人性化，并且还给出...
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【工具】ChatGPT 国内如何体验呢ChatGPT在不久前突然出现在网络和朋友圈中，引起了众多人的关注。 它是美国“开放人工智能研究中心”研发的聊天机器人程序，比微软小冰、小爱同学、Siri等更聪明、更强大。 ...
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多序列比对,进化树分析,motif预测,密码子偏好性分析(2)多序列比对,进化树分析,motif预测,密码子偏好性分析(1)进行BopA蛋白序列下载，多序列比对及进化树分析后，这部分进行保守性和密码子偏好性分析。背景：自噬是细胞的一种重...
