虽然简单，但绝对首发……该给自己的系统发育构建流程升级了，新版本软件不仅速度快，而且对用户友好！ modeltest-ng 的速度是真的飞快！modeltest-ng 和 r...
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使用modeltest-ng和raxml-ng构建ML系统发育树
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关于SNP的过滤（1）：如何使用vcftools进行SNP过滤
前言 很多关注我这个专题的朋友都在后台留言，说想了解更多关于SNP过滤的东西。是的，确实这是一个比较重要的问题。第一，过滤到一些低质量的SNP可以防止calling一些假阳性...
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群体进化-GWAS分析
群体进化-gwas分析 群体进化基础分析 PCA 分析原理PCA(Principal Component Analysis)，即主成分分析方法，是一种使用最广泛的数据...
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mcmctree估算物种分歧时间基因序列中的密码子随着时间的推移以几乎恒定的比例进行替换，具有恒定的演化速率，因此两个物种时间的遗传距离与物种分歧时间成正比。 本文就利用mcmctree估算物种分歧时间做一...
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LD衰减图的理解与应用
在群体遗传学研究中，LD连锁不平衡分析是最常见的分析内容，也是关联分析的基础。如何正确理解并且进行相关的LD连锁不平衡分析是群体遗传中很基本的一件事情。下面和大家一起学习一下...
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Tajima's D 中性检测的指标
Tajima's D - Wikipedia[https://en.wikipedia.org/wiki/Tajima%27s_D] Tajima's D是由日本研究员田田文...
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简化基因组群体分析1.stack寻找位点1)数据预处理数据下机经过拆分去接头获得原始数据 由于拆分数据用的引物街头长度不一，获得的原始数据的长度也有差异，这对后续stack分析有影响，这里为了...
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ggtree绘制进化树绘制进化树的方法有很多，入门的MEGA，iTOL，evolview等，但是没有一个如ggtree这般高效简单，轻轻松松绘制高端进化树，废话不多说，直接看代码喜欢的小伙伴可以关...
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Learning Perl学习笔记（4）第五章 Input and Output
课后练习 第一题 Write a program that acts like cat, but reverses the order of the output lines...
