在生成raw vcf后，进行SNP和indel提取，便于后续分析。GATK4——gVCF转VCF - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu...
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GATK4 SelectVariants ——vcf文件提取SNP和indel
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GWAS-eQTL的共定位分析GWAS-eQTL的共定位分析，听起来是不是很高大上。当时自己也是不太清楚，还到处找教程，脚本什么的。但是都无果，好不容易找到一个，折腾了半天安装了R包，只能做人类的！！！当...
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MatrixEQTL-----eQTL分析
好久没有发简书了，去学习新技术新知识去了，实在是没有时间！！现在有点时间，记录分享一下新知识~这段时间也是被这个eQTL搞得很头疼，现在终于弄出来，记录记录！ Matrix ...
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物种间共线性图参考：https://blog.csdn.net/u012110870/article/details/102804593https://www.jianshu.com/p/...
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GWAS分析 (一)接触全基因组关联分析（GWAS）已经一年半有余，从刚开始对GWAS的全然无知到现在慢慢了解，越来越能体会到这项技术的了不起。同时，越来越多的科研工作者也在使用这项技术，然后就...
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R语言实现蛋白质相互作用网络——PPI可以用网页版做，但有上限2000个基因的限制。所以今天开发一下怎么用R飞一波。 1. 下载STRING数据库中蛋白质相互作用网络 2. 下载Uniprot ID转换文件 打开...
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把基因画在染色体上之前有一次，我导说“能不能把这些基因按顺序画在果蝇的染色体上”，因此，我寻找了一些实现这个需求的方法。经过一番奇奇怪怪的操作之后，最终用ggplot2画了。。。其它方法简单地...
