Reference Basic Slurm Commands :: High Performance Computing[https://hpc.nmsu.edu/disco...
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SLURM队列系统创建平行阵列任务
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基于dbSNP 批量注释Variant （Rs#、POS、ALLELE...）dbSNP（单核苷酸多态性数据库，Database of Single Nucleotide Polymorphisms） 是由 NCBI（美国国家生物技术信息中心，Nati...
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利用 SumStatsRehab 规范化补全 GWAS数据
统一GWAS Summary Statistics格式的重要性与挑战 在GWAS（全基因组关联研究）分析中，由于缺乏统一的、规范化的GWAS Summary Statisti...
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关于PhastCons和SIFT4G的使用
由于分析需求需要使用PhastCons分析DNA的保守序列，以及使用SIFT软件分析氨基酸变异的有害性，经过一段时间的探索，对这两款软件已经有了还算全面的认识，在此记录一下分...
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ArchR-To-Signac 转换：拓展单细胞ATAC分析引言 本博客旨在详细展示如何将 ArchR 项目中的数据转换为 Signac 格式对象，为下游单细胞 ATAC-seq 数据分析提供支持。主要通过 六个简短的代码块 系统性说...
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基于Seurat 整合分析创建“共现热图”（co-occurance）通过 共现热图(co-occurance heatmap)，我们可以用数值的方法定量地检查两个数据集的重叠程度。基于“最小值和”计算的重叠分数，是一种有效的方法来量化这种重叠...
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基于GWAS结果的SNP筛选与坐标检索指南
1、关于潜关联SNP的筛选 筛选疾病风险SNP时，选择GWAS p值小于0.05的结果 并不是一个最佳的策略，尤其是在全基因组范围的关联分析中。这是因为在GWAS中，通常要对...
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Seurat::DoHeatmap Clustering Specific GenesReference DoHeatmap clustering specific genes and not top x genes · Issue #2261 · satij...
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利用 DuckDB 在 Linux 上高效查询多种结构化数据
DuckDB 主要是为结构化数据查询设计的，专注于高效处理和分析大规模数据集。它支持多种流行的数据存储格式，如 Parquet、CSV 和 SQLite，使得在处理这些格式时...
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Seurat v4 与 v5 数据整合工作流的技术差异说明批次效应 是指在实验中由于不同的实验条件、操作人员、试剂批次、设备差异等非生物学因素引起的系统性差异。具体来说，在单细胞RNA测序（scRNA-seq）中，不同的实验批次可能...
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Human-to-Macaca fascicularis Ortholog GenesEnsembl webpage[http://www.ensembl.info/blog/2009/01/21/how-to-get-all-the-orthologous-...
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Signac::Enhence_CoveragePlot 的参考实现方案效果图 Signac中的 CoveragePlot是一种用于展示基因组覆盖度的图形工具，常用于 ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessib...
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10X空间转录组数据分析之细胞百分比饼图的绘制作者，追风少年i 最近一直有人问我空间转录组的饼图该如何绘制，如下图 之前呢，说过一些，大家可以借鉴 10X空间转录组绘图之细胞类型百分比饼图和空间密度分布图[https:/...
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Pianno: 空间转录组组织域无监督注释工具的安装教程软件快照: https://github.com/yuqiuzhou/Pianno[https://github.com/yuqiuzhou/Pianno]官网快照软件介绍：...
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KEGG通路的从属/注释信息如何获取
富集分析经常做，之前只知道GO term有从上到下的层次关系，今天才知道KEGG pathway也有类似的分层关系。 起因是我准备更新一下自己的kegg富集结果展示图，之前一...
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Python环境管理工具Anaconda简介 Anaconda就是可以便捷获取包且对包进行管理，包括python和很多常见软件库和一个包管理器conda。常见的科学计算类的库都包含在里面了，使得安装比较常规比pyt...
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RunPrestoAll：Seurat差异基因分析加速利器！单细胞转录组测序的差异基因表达分析是一种用于比较不同细胞之间基因表达水平的方法。在单细胞RNA测序数据中，每个细胞的基因表达水平都被测量，并以基因计数矩阵的形式进行存储。差异...