使用conda安装 使用时需要启动环境 在此基础上可以更新到最新版的JCVI (Github版本会不断的增加新功能并修订bug） 安装额外的依赖环境 Kent tools B...
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如何安装JCVI
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使用Trinity进行转录组组装Trinity是Broad Institute和Hebrew University of Jerusalem开发的RNA-Seq数据 转录组组装工具，包括三个模块， Inch...
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如何对基因组序列进行注释基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction...
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R语言GEO数据挖掘：步骤四：富集分析KEGG,GO
1.读取第三部存储数据（基因差异表达情况） 2.设定阈值计算基因上调下调数量 3.ID转换 4.得出差异基因 5. KEGG pathway analysis 做KEGG数据...
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clusterProfiler: 分析+可视化GO和KEGG富集的转录组R包写作之友 基因和基因簇的功能谱 (functional profiles) 的统计学分析及可视化 G Yu, LG Wang, Y Han, QY He. clusterPr...
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转录组GO富集分析链接： https://www.jianshu.com/p/22b7e77b770e 安装与下载：一：首先安装 AnnotationHub这个包AnnotationHub是一...
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edgeR差异基因分析的一般过程基于转录组测序获得的定量表达值，识别差异表达变化的基因或其它非编码RNA分子，实际上方法还是非常多的。但就目前来看，DESeq2和edgeR是出现频率最高的两种方法了。 DE...
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FPKM数据下游分析
前面分享了FPKM数据该怎么分析？后来看了一下别人分享的例子，应该把FPKM转换为TPM后再进行分析。为什么说FPKM和RPKM都错了？简单小需求：如何将FPKM转换成TPM...
