突然间发现，我一做热图就用pheatmap几乎不存在第二个选项了。是时候跑一遍pheatmap的demo了. Examples scale是一个值得注意的参数，它旨在说明你想...
IP属地：新疆
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pheatmap热图技巧合集 -
@一起闹 物种名字可能错了，可以检查一下是不是KEGG网站里列出的物种格式，例如人hsa，鼠mmu
【转】Reading KEGG annotation online: fail to download KEGG data... Error in download.KEGG.Path(spe...
本文转载自：http://www.360doc.com/content/22/0604/23/76149697_1034565139.shtml 最近在做KEGG富集分析时，...
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cutadapt 使用详解Cutadapt安装 基本命令 例子： 常用参数 参数详解 Removing adapters Adapter 移除 Anchored 5’ adapters：adapter...
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NGS 数据过滤之 Trimmomatic 详细说明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始数据过滤对后续分析至关重要，去除一些无用的序列也可以提高后续分析的准确率和效率。Trimmomatic 是...
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RNA-seq 可变剪切可变剪切定义 有些基因的一个mRNA前体通过不同的剪接方式（选择不同的剪接位点）产生不同的mRNA剪接异构体，这一过程称为可变剪接(或选择性剪接， alternative s...
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如何通过CHIP-seq分析鉴别基因启动子和增强子(活性增强子鉴定)学习文章：如何通过CHIP-seq分析鉴别基因启动子和增强子 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/8aca72809c5...
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Minimap2（2.20）使用记录
文章仅是记录自己的学习使用，有错误请指出，我立刻改正！ 官方说明：https://github.com/lh3/minimap2#general[https://github...
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seurat-FindAllMarkers()源码解析现在回想单细胞项目的一些常规分析，clusters/groups间的差异表达分析（differential expression analysis）几乎是分析必备项，Find...
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Seurat 基础知识
（一）Seurat的数据结构 版本：3.1.5 直接输入Seurat object的名称，我们可以得到类似如下内容： An object of class Seurat 13...
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10X单细胞（10X空间转录组）轨迹分析（拟时分析）之基因开关（GeneSwitches）hello，大家好，今天给大家分享的是，拟时序轨迹分析软件中对轨迹关键驱动基因的下游分析，挖掘拟时序分化轨迹开关基因的分析，这个方面大家应该都不陌生，文章在GeneSwitc...
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10X单细胞轨迹分析之回顾清明节了，放假期间好好放松一下自己，但是我仍然记得大学老师说过的一句话，放假休息的同时，总结过去，展望以后，所以说假期是一个承前启后的时间段，今天我们不讲新的东西，而是回顾一...
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我眼中的barcodes.tsv.gz/features.tsv.gz/matrix.mtx.gz前段时间一直在用cellranger count进行单细胞测序数据的处理，不得不说Cell Ranger作为10X Genomics官方的单细胞数据处理工具，功能还是很强大的...
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10X单细胞（10X空间转录组）降维分析之tSNE（算法基础知识）hi，大家好，不知道大家对算法感不感兴趣，之前我分享了PCA的原理和一些分析技巧，大家可以参考单细胞PCA分析的降维原理[https://www.jianshu.com/p/...
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使用pheatmap包绘制热图加载所需R包 设置工作路径 构建测试数据集 将热图结果按聚类后的顺序输出 转载来自：作者：Davey1220链接：https://www.jianshu.com/p/1c55...
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NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（三）：多样本数据整合第三节：多样本数据整合 在本节教程中，我们将探讨多个样本scRNA-seq数据集整合的不同方法。我们使用两种不同的方法来校正跨数据集的批处理效应。同时，我们还给出一种量化措施...
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Harmony 6/10
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Harmony converged after 6 iterations
Warning: Invalid name supplied, making object name syntactically valid. New object name is Seurat..ProjectDim.RNA.harmony; see ?make.names for more details on syntax validity
大佬，这个地方的warning不用管吗，我也碰到了类似的问题NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（三）：多样本数据整合
第三节：多样本数据整合 在本节教程中，我们将探讨多个样本scRNA-seq数据集整合的不同方法。我们使用两种不同的方法来校正跨数据集的批处理效应。同时，我们还给出一种量化措施...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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Aspera下载安装使用Aspera Linux 安装 conda 安装 在Linux上安装Aspera，方便的还是直接通过conda进行安装(已经安装了Anaconda），在需要安装的环境下输入以...
