生信坑底躺着不动的男人<br>简书不常在，有问题可私信
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CUT&Tag数据分析笔记（1）前几天学习了文献CUT&Tag[https://www.jianshu.com/p/335aec753039]，了解了原理以后，可以跟着官网来学习如何分析CUT&Tag数据了...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
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m6A甲基化数据分析流程前面我们简单介绍过m6A RNA甲基化修饰特征[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin.qq.com/s%3F__...
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ggplot2一页多图排版的简便方法更好的阅读体验>> 要想在同一页面上排列多个ggplot2图形，基本的R函数par() 和 layout()是无效的。解决方案之一是使用 gridExtra包中的一些函数来排...
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R语言可视化（二十七）：序列logo图绘制27. 序列logo图绘制 清除当前环境中的变量 设置工作目录 使用seqLogo包绘制序列logo图 使用ggseqlogo包绘制序列logo图 使用motifStack包...
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个性化ChIPseeker注释peak结果，基因 or 功能区类型随心选，好用的脚本等你来取ChIP-seq、ATAC-seq等获取到基因组范围内的peak后，需要对其进行基因注释以便进行后续的分析。ChIPseeker做为peak注释的R包，用来很不错，但有时...
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芯片数据和RNA-seq的差异分析流程由于太久没有分析过bulk数据了，前几天突然被要求分析一个文章的数据时有点乱了手脚，所以在这里想总结一下关于芯片数据与seq数据的差异分析流程。 假如你是小白，也刚刚了解NG...
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methylKit甲基化分析
引言 methylKit是一个R软件包，用于分析和注释通过高通量亚硫酸氢盐测序获得的DNA甲基化信息。该软件包旨在处理RRBS及其变体的测序数据。但是，如果提供正确的输入格式...
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limma、DESeq2、edgeR差异分析及绘制韦恩图不同的时空以及不同的条件下差异基因分析是RNAseq分析的重要目标。差异表达分析方法包括：基于Read数目：DESeq、limma和edgeR；基于组装技术：Cuffdif和...
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limma的两个弟弟：edgeR和DESeq201—研究背景 上一篇公众号我们为大家详细的介绍了R软件包limma筛选差异基因，limma包做差异分析要求数据满足正态分布或近似正态分布，如基因芯片、TPM格式的高通量测序...
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基因组浏览器IGV实践IGV( Integrative Genomics Viewer)是一款针对高通量测序数据进行可视化的专业软件。 软件安装软件下载,运行需要 Java 的运行环境。 优点满足...
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Illumina HumanMethylation450 BeadChip (甲基化450k芯片) 初探一、Illumina HumanMethylation450 BeadChip （甲基化450k芯片）简介Illumina最早的甲基化芯片是27K（K代表1000，表示大概可...
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第4篇：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（一）——phantompeakqualtools学习目标： 探讨ChIP-seq数据质量低的来源 理解链交叉相关性（ strand cross-correlation） 使用phantompeakqualtools计算交叉...
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Linux结构化语句-条件与循环Linux结构化语句 条件语句 if循环语句: for 循环和 while循环 条件语句 if if 条件语句的常见格式如下，注意空格 有头有尾，一个if 就要对应一个 fi...
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samtools flagstat 统计结果的理解
比对结束后，需要了解比对结果的情况，可以采用samtools flagstat进行统计samtools flagstat统计bam文件比对后每一个参数的解释如下： 如果有些结...
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生信 | ATAC-Seq基础分析+高级分析+多组学分析写在前面 其实很多作者已经探索的差不多了，相关脚本、教程也很多，但我还是自己系统的总结一下吧。有时候感觉是浪费时间，但是在写的时候能发现并学习到很多新的知识，不断记录反思，也...
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ATAC-seq指南(一) ATAC-seq Guidelines(1)写在前面（19.11.14，11.19） 最近需要写一份博士研究计划，感觉最近单细胞RNA-seq（scRNA-seq）和单细胞ATAC-seq（scATAC-seq）联合分...
