1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后,矩阵默认会变成SCT矩阵,如果不加设置,后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...
首先打开rstudio 打开后用getwd()查看当前工作路径 如果路径跟上次的不一样,重新设置一下路径 重新加载R包 加载数据 官方推荐是2000个高变基因,很多文章也有设...
GWAS 应用 一篇很好的笔记,介绍了GWAS的应用 https://www.jianshu.com/p/d5a86164e809 GWAS 的QC和原理 在做GWAS分析之...
前言 论一个气场合适的导师的重要性。想起一个微信朋友前截图 A:导师牛不牛,师兄师姐牛不牛,跟你牛不牛没有关系 B:你错啦,导师牛不牛,师兄师姐牛不牛,很大程度上决定我牛不牛...
4.0 安装包 加载所需要的包 清除环境, 读取10x的数据 BC10 文件夹内容 scRNA.counts是一个S4对象。S4对象就像一颗大树一样,有主枝干,有分枝。 创建...
数据下载 文章数据一般存放位置 打开GEO网站GEO[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/] 单细胞原始数据 Cell Ranger toolk...
感谢 我也是卡在这里
R无法读取用Excel另存的CSV文件?记录我学习R语言踩的第一个坑这是一个真实的故事! 故事正文: 今天我在学习《R语言实战》这本书,学到了数据的输入,从带分隔符的文本文件导入数据,书中讲到了下面这个例子↓ 听说学习R语言的好习惯就是要亲手...
之前使用popLDdeacy这个软件自动生成的图片不是特别好看,重新绘制了一下,记录一下。 在使用LDdecay计算LD 衰减的时候,会返回OUT.bin.gz,前两列为绘图...
1、用wget命令下载 wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64....
语法说明:插入程序代码的方式有两种:使用反引号 `(~ 键)、使用缩进(Tab)。 插入行内代码,即插入一个单词或者一句代码的情况,使用 `code` 这样的形式插入。 插入...
ped 必须与fam 文件一起
你好是不是写错了。。。PED必须与map 文件一起
GWAS分析-说人话(2)认识文件名前言 认识文件名,这玩意太重要了!行外人看不懂啊!!!!!! 高逼格的东西自己阅读参考文件了,我只上最粗暴的!~ 尼马的,给我记好了,不然在GWAS分析的路上活不下的!!! ...