背景介绍 WGCNA是权重基因共表达网络分析，是常规转录组和单细胞转录组的重要分析内容之一，能找到与表型相关联的基因模块，所谓基因模块其实就是基因集，不过在WGCNA中是有共...
IP属地：浙江
-
使用WGCNA分析单细胞转录组数据（懒人版） 2023-05-18
-
SCENIC/pySCENIC分析补充+小鼠数据示例2022-12-14
适用背景 之前写了两篇博客（四步完成单细胞数据调控网络流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06[https://www.jianshu.com/p/71...
-
单细胞转录组基因表达模式聚类-Mfuzz包 2022-12-06适用条件和背景 Mfuzz包最初是为了研究具有时间序列特征的转录组和蛋白组数据中基因或蛋白表达的时间趋势的一个工具包，能将具有相似表达模式的基因或蛋白进行软聚类，从而可以了解...
-
SCENIC/pySCENIC结果可视化 2022-11-08适用背景 之前写了一篇文章介绍四步完成单细胞数据调控网络流程分析[https://www.jianshu.com/p/71ed43163ce1]，但生成的结果没有进行可视化，...
-
R语言可视化（四十）：网络图绘制40. 网络图绘制 清除当前环境中的变量 设置工作目录 使用igraph包绘制网络图 使用ggraph包绘制网络图 使用networkD3包绘制动态网络图
-
四步完成单细胞数据调控网络流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06适用背景 单细胞转录组调控网络分析是单细胞转录组分析内容的高级分析之一，本文将介绍SCENIC/pySCENIC的流程，具体原理和内容不展开，主要展示代码复现流程。R的SCE...
-
单细胞差异基因可视化|Seurat和scanpy提取细胞簇主要差异基因(DEG)并绘制气泡图1.背景 单细胞数据分析在进行完细胞自聚类或者细胞类型注释后，一般需要对查到的差异基因可视化，用来显示基因和细胞群的相关性，进行后续分析。当然Seurat和scanpy本身可...
-
biomaRt多个物种同源基因一步转换 2022-08-30适用背景 之前写了一篇跨物种同源基因转换[https://www.jianshu.com/p/abf5138e3757]的文章，里面用到biomaRt这个包，但是这个包只能对...
-
Linux系统的Shell脚本传参（bash）2022-08-25
Shell传参快速使用脚本 简便版 进阶版 getopt方法 getopts方法 做生信一般都绕不开Shell脚本编写，如果脚本可以传参就能实现大批量任务投递，而且也可以通过...
