### 一般从测序公司拿到的下级数据有raw data，或者经过质控之后的clean data，格式为fq。参考基因组及注释文件gff从网上下载。分析流程如尾图所示。 分析软...
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基因组重测序分析干货 -
1. Nanopore三代测序fastq数据预处理千里之行，始于足下。 本次处理的fastq文件是通过对细胞系进行RIP实验后，经建库并在nanopore单分子测序仪上测序获得的，处理的方式按NGS常规方法处理，本人系初学者...
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简单的转录组差异基因表达分析 -- DESeq2经典的转录组差异分析通常会使用到三个工具limma/voom, edgeR和DESeq2。今天我们就通过一个小规模的转录组测序数据来演示DESeq2的简单流程。 文中使用...
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主成分分析（PCA）在前面我们学习了一种有监督的降维方法——线性判别分析（Linear Dscriminant Analysis，LDA）。LDA不仅是一种数据压缩方法还是一种分类算法，LDA将...
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主成分分析-PCA图的优化（R语言）
R语言的主成分分析（PCA）详解和带聚类的PCA图绘制 最近有个老师在整理文章数据，由于分组较多，想展示PCA图，说明不同分组的差异，公司默认给出的PCA图比较朴素，想做的好...
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「Sanger Sequencing Check」系列插件支持MacOS了~写在前面 Emmm，寒期写了几个插件： Primer Check，用于本地基于序列库，检测引物特异性 Sanger Sequencing Chek，用于查看测序峰图，.ab1...
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GWAS生物学相关名词解释
背景基因 与所研究的表现型直接有关的基因以外的全部基因的总称 LD : 当位于某一座位的特定等位基因与另一座位的某一等位基因同时出现的概率大于群体中因随机分布的两个等位基因同...
