您好！是否可以给我一个详细的代码，谢谢
用blast进行短序列（20nt左右）的搜索一句话概括就是：blastn多加上-task blastn-short -word_size 7 -evalue 1就ok了。 这段时间用blastn比较多，所以遇到这个问题...
IP属地：北京
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您好！我想咨询一下，基因组组装除了染色体序列外还剩余一些scaffolds序列，这些序列是不是未定位到染色体上的序列，而且这些序列的重复性比较高？我这样理解是不是对的
一文看懂三代组装软件——Flye
作者：童蒙编辑：angelica 一、介绍 Flye是用于单分子组装数据的denovo基因组装的软件。这个软件可以用于各种数据集，从小的细菌到大的哺乳动物。 输入是原始的Pa...
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@黄甫一 好的，谢谢你的答复
跨物种同源基因转换（biomaRt和homologene）2022-06-17
适用背景 当我们进行跨物种比较分析时会发现基因名对不上，或者找不到基因，这时候就需要进行物种间的同源基因转换。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt，另外还查到NCB...
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@黄甫一谢谢您的回答。想让您帮我看一下文章了里面写到了，对于解决one to many和many to many问题的方法，建立了元基因这个是怎么做的，原文如下：
Ortholog gene selection
To compare transcription between species, we first created a gene ortholog table using the mouse genome as the reference gene list. We performed gene homology search, using ensemble multiple species comparison tool (http://www.ensembl.org/biomart/martview/42ddd77f8b0f4aae7d9eefe32cc4518c). Each species was compared to mouse and a high-quality ortholog genes list was extracted (gene order conservation score above 75, whole genome alignment score above 75 and minimum sequence identity above 80%). To account for gene paralogs and gene-duplication events, an aggregated table of ‘‘meta-genes’’ was created. Each meta-gene may include all gene symbols homologous to one mouse gene. For each organism, read counts were combined across all manifestations of each meta-gene. For example, if zebrafish’s actb1 had two reads, and actb2 three reads, the actb meta-gene received a total of five reads. Missing genes in species were given an ‘‘A’’ value.跨物种同源基因转换（biomaRt和homologene）2022-06-17
适用背景 当我们进行跨物种比较分析时会发现基因名对不上，或者找不到基因，这时候就需要进行物种间的同源基因转换。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt，另外还查到NCB...
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您好！我想问下结果中存在many to many如何处理？
跨物种同源基因转换（biomaRt和homologene）2022-06-17
适用背景 当我们进行跨物种比较分析时会发现基因名对不上，或者找不到基因，这时候就需要进行物种间的同源基因转换。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt，另外还查到NCB...
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@七楼的白羊 谢谢你
【转】Reading KEGG annotation online: fail to download KEGG data... Error in download.KEGG.Path(spe...
本文转载自：http://www.360doc.com/content/22/0604/23/76149697_1034565139.shtml 最近在做KEGG富集分析时，...
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您好！我想问一下，我的协议已经是auto了，不知道为什么依然报相同的错，请大神指点一下：
> getOption("clusterProfiler.download.method")
[1] "auto"
> KEGG<-enrichKEGG(gene$ENTREZID,#KEGG富集分析
+ organism = GO_database,
+ keyType = 'kegg', #KEGG 富集
+ pvalueCutoff = 0.05,
+ qvalueCutoff = 0.05)
Reading KEGG annotation online:
fail to download KEGG data...
Error in download.KEGG.Path(species) :
Failed to download KEGG data. Wrong 'species' or the network is unreachable. The 'species' should be one of organisms listed in 'https://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html'【转】Reading KEGG annotation online: fail to download KEGG data... Error in download.KEGG.Path(spe...
本文转载自：http://www.360doc.com/content/22/0604/23/76149697_1034565139.shtml 最近在做KEGG富集分析时，...
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您好！作者，我想咨询一下，这个biomaRT包和biomart数据库中的不同物种之前同源基因名称的转换，依据序列相似性（或者同源）是多少？
biomaRt: 用R愉快检索BioMart数据库
网速慢的原因找到了 R 与 BioMart 数据库的语言接口 (interface) Durinck S, Spellman P, Birney E, Huber W (20...
