参考：https://satijalab.org/seurat/articles/essential_commands.html[https://satijalab.org/...
IP属地：吉林
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Seurat重要命令汇总
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infercnv Error in `ScaleData()`: ! No layer matching pattern 'data' found. Please run NormalizeDa...
原因 我的R运行环境里，用的是Seurat v5，出现这个问题主要是Infercnv与新的Seurat对象不兼容 解决 在运行infercnv::run()之前，运行代码：
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scRNAseq || 堆叠小提琴图(StackedVlnPlot)的4种实现方式最近一直在学习单细胞方面的知识，无意中看到别人的帖子在分享如何画堆叠的小提琴图(StackedVlnPlot)，顺便就学习了一下。发现StackedVlnPlot图确实看...
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Seurat取子集时会用到的函数和方法在单细胞数据分析中，在确定细胞类型后，除了可以进行差异表达基因分析外，还可以针对单个细胞类型进行分析特定分析，这时就需要我们提取细胞子集分开处理了。 一、Seurat数据格式...
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不同单细胞群之间的相关性分析单细胞绘图系列： Seurat绘图函数总结[https://www.jianshu.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2优化Seurat绘图[https...
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细胞类型鉴定--单细胞marker基因（持续修正）细胞类型marker基因T CellsCD3D, CD3EThCD3D, CD3E, CD40LGTcCD3D, CD3E, CD8A, CD8BgdTTRDV2, TRGV...
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捋一遍单细胞测序分群鉴定——基于seurat官网和网上资料~
在看完seurat官方分群教程后 https://satijalab.org/seurat/v3.0/pbmc3k_tutorial.html 感觉又收获很多东西，决定写下...
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单细胞数据处理小细节汇总1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后，矩阵默认会变成SCT矩阵，如果不加设置，后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...
