写在前面：在上亿年的进化历程中，基因组经历了大大小小的改变。从小的核苷酸突变、插入、缺失到大的基因缺失、重复、基因组重排和水平基因转移。基因组比对可以通过比对序列中的同源区域...
IP属地：云南
-
multiple whole genome alignment -
用TBtools，快速高效实现基因组共线性分析与可视化， 赞！写在前面 对于没有做过共线性分析的小伙伴，可以通过以下几段内容，了解一下，我为什么要费劲巴拉画出这样一张图。 除了基因组成的相似性,在不同基因组中基因排列顺序的一致性更能够体...
-
基因组共线性工具MCScanX使用说明MCScanX是检测基因共线性和进化分析的常用工具之一，2012发表至今引用数200+，作者之一的唐海宝老师是国内植物基因组学生信分析、软件开发领域的大拿，在学习使用MCSc...
-
其实MCScan画图也可以很好看最近发现了python版的MCScan，是个大宝藏。由于走了不少弯路，终于画出美图，赶紧记录下来 github地址 https://github.com/tanghaibao...
-
circos 可视化手册-links 篇
highlights用于展示基因组上特定的区域的分布，通常情况下，还需要展示不同区域之间的关联，比如融合基因，CNV等信息，这样的信息就通过links 这个block 进行展...
-
circos 学习手册（二十七）
技巧（二） 6. 复杂直方图 6.1 直方图填充 可以使用如下规则，基于直方图的 bin 值更改其填充色 6.2 分层背景色和宏 在这个例子中，我们为具有六个颜色层的直方图创...
-
生信 | Circos实战写在前面 由于circos官网的教程太全面了，虽然好但反而感觉比较复杂，难易上手，因此我将他们精简了一下。由于官网的教程中包含的数据太杂了，所以我精简了数据与代码放到了扣扣群...
-
【叶绿体基因组】注释校正与tbl文件的生成叶绿体基因组注释是非常重要的一步，注释的合理与否直接影响后续分析的正确性，例如密码子偏好性分析、选择压力分析等等。 STEP 1 获取初始的GB注释文件 使用GeSeq进行注...
-
MUMmer两个基因组共线性比对
官方使用参考：http://mummer.sourceforge.net/manual[http://mummer.sourceforge.net/manual]中文原理解释...
-
使用nextpolish对三代组装进行polish(v1.2.2版)
NextPolish是武汉未来组开发的一个三代基因组polish工具（另外一个常用软件是Pilon）。NextPolish可以使用二代短读序列或者三代序列或者两者结合去纠正三...
-
祖先状态重建—揭示物种性状的起源与演化我觉得处理任何事情，不仅要做到“知其然”，还要做到“知其所以然”。在做事情时，如果仅知道低头蛮干，不知道抬头看路；只知道跟着“牵牛绳”的方向，在鞭子的抽打下前进或停止，那么最...
-
基础知识 — Exons,Introns,ORF,CDS,UTR,lncRNA,转录本,可变剪切,密码子,启动子,顺式调控元件,转录起始位点,终止子,转录因子,结构基因1.核酸，基因，DNA，染色体，基因组，同源染色体，等位基因 核酸，基因，DNA，染色体 核酸：一种通常位于细胞核内的大型生物分子，主要负责生物体遗传信息的携带和传递。核酸有...
-
使用seqkit批量替换序列ID
在进行组装和比对过程中，要将测序ID替换成物种学名，一个一个替换太慢了，发现seqkit有这个功能。 seqkit replace --ignore-case --kv-fi...
-
基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）一、数据准备 首先，选取不同物种的Protein数据集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Dimocarpus_longan...
-
细胞器基因组的在线基因注释网站在组装完成细胞器基因组之后，需要对基因进行注释。 推荐的网站有： Geseq：https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/geseq.html 可...
-
趣事 | 基因结构注释人工矫正软件-Apollo的开发历史写在前面 这大半个月我都在医院待着，确实无法做太多事情，于是选择看一些文献。选择的是目前开发最完善，且可以说是在IGV-GSAme【之前我改造的IGV版本】出现之前的唯一一款...
-
多态性位点分析现在有人写脚本做，可以搜CPStools找到。作者也发有视频讲解，挺好用的
一文讲完叶绿体基因组比较分析的全部软件和配套ggplot绘图脚本
前段时间，发表了一篇叶绿体基因组比较分析文章。尽管这类套路文已经不再热门，但在准备数据分析的过程中，仍感各种资料教程之零散，各种文章的做图工具也是令人眼花缭乱。故此，列出个人...
-
一文讲完叶绿体基因组比较分析的全部软件和配套ggplot绘图脚本前段时间，发表了一篇叶绿体基因组比较分析文章。尽管这类套路文已经不再热门，但在准备数据分析的过程中，仍感各种资料教程之零散，各种文章的做图工具也是令人眼花缭乱。故此，列出个人...
-
叶绿体基因组注释软件PGA-Plastid Genome Annotator叶绿体是绿色植物细胞中进行光合作用的细胞器，是世界上成本最低、创造物质财富最多的生物工厂。叶绿体基因组主要编码与光合作用密切相关的蛋白质，作为细胞内半自主性的细胞器，...
-
samtools的安装和使用--------------- Nickier 2018-12-21 --------------- samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。能够实现二进...
