风轻轻地从绿意盎然的草原上拂过，身着白色碎花裙的女孩静静地坐在其中。天空中浮动的云彩吸引着她的目光，空气中饱含水分的味道催促着她的呼吸。她那淡紫色星空打底的眼眸中，闪动着这一...
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【崩铁同人文】假如真的有那么一个梦泡
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【崩铁同人文】雪轻轻的落
我坐在温暖的屋子里，呆呆地看着窗外被雪白色照亮的夜世界。街道上的行人寥寥，只有路灯的灯光如烛火在风中摇曳。很容易爬满雾气的窗子被怀中的女孩一遍又一遍的擦亮，她穿着淡蓝色的睡衣...
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【读后感】恋爱中的心路历程
今天给大家分享一个故事—— 当我从普鲁斯特用他那天才的联想构筑出的贡布雷世界中走出，便头也不回的扎进斯万的恋爱苦海之中。如果说贡布雷的世界是将每一处景物拆分成各式各...
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【崩铁同人文】假如真的有那么一场梦
风轻轻地从绿意盎然的草原上拂过，身着白色碎花裙的女孩静静地坐在其中。天空中浮动的云彩吸引着她的目光，空气中饱含水分的味道催促着她的呼吸。她那淡紫色星空打底的眼眸中，闪动着这一...
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【崩铁同人文】守岸人
在泛着烟熏气息的柴火架上，摆着一条两面金黄的小鱼。 他看不到鱼，也闻不到任何气味。只有火焰带来的温暖，这许久未曾触碰到的感觉，让他颤抖的身体安静了下来。他用手摸了摸自己的脸颊...
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multiple whole genome alignment写在前面：在上亿年的进化历程中，基因组经历了大大小小的改变。从小的核苷酸突变、插入、缺失到大的基因缺失、重复、基因组重排和水平基因转移。基因组比对可以通过比对序列中的同源区域...
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用TBtools，快速高效实现基因组共线性分析与可视化， 赞！写在前面 对于没有做过共线性分析的小伙伴，可以通过以下几段内容，了解一下，我为什么要费劲巴拉画出这样一张图。 除了基因组成的相似性,在不同基因组中基因排列顺序的一致性更能够体...
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基因组共线性工具MCScanX使用说明MCScanX是检测基因共线性和进化分析的常用工具之一，2012发表至今引用数200+，作者之一的唐海宝老师是国内植物基因组学生信分析、软件开发领域的大拿，在学习使用MCSc...
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其实MCScan画图也可以很好看最近发现了python版的MCScan，是个大宝藏。由于走了不少弯路，终于画出美图，赶紧记录下来 github地址 https://github.com/tanghaibao...
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circos 可视化手册-links 篇
highlights用于展示基因组上特定的区域的分布，通常情况下，还需要展示不同区域之间的关联，比如融合基因，CNV等信息，这样的信息就通过links 这个block 进行展...
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circos 学习手册（二十七）
技巧（二） 6. 复杂直方图 6.1 直方图填充 可以使用如下规则，基于直方图的 bin 值更改其填充色 6.2 分层背景色和宏 在这个例子中，我们为具有六个颜色层的直方图创...
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生信 | Circos实战写在前面 由于circos官网的教程太全面了，虽然好但反而感觉比较复杂，难易上手，因此我将他们精简了一下。由于官网的教程中包含的数据太杂了，所以我精简了数据与代码放到了扣扣群...
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【叶绿体基因组】注释校正与tbl文件的生成叶绿体基因组注释是非常重要的一步，注释的合理与否直接影响后续分析的正确性，例如密码子偏好性分析、选择压力分析等等。 STEP 1 获取初始的GB注释文件 使用GeSeq进行注...
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MUMmer两个基因组共线性比对
官方使用参考：http://mummer.sourceforge.net/manual[http://mummer.sourceforge.net/manual]中文原理解释...
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使用nextpolish对三代组装进行polish(v1.2.2版)
NextPolish是武汉未来组开发的一个三代基因组polish工具（另外一个常用软件是Pilon）。NextPolish可以使用二代短读序列或者三代序列或者两者结合去纠正三...
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祖先状态重建—揭示物种性状的起源与演化我觉得处理任何事情，不仅要做到“知其然”，还要做到“知其所以然”。在做事情时，如果仅知道低头蛮干，不知道抬头看路；只知道跟着“牵牛绳”的方向，在鞭子的抽打下前进或停止，那么最...
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基础知识 — Exons,Introns,ORF,CDS,UTR,lncRNA,转录本,可变剪切,密码子,启动子,顺式调控元件,转录起始位点,终止子,转录因子,结构基因1.核酸，基因，DNA，染色体，基因组，同源染色体，等位基因 核酸，基因，DNA，染色体 核酸：一种通常位于细胞核内的大型生物分子，主要负责生物体遗传信息的携带和传递。核酸有...
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使用seqkit批量替换序列ID
在进行组装和比对过程中，要将测序ID替换成物种学名，一个一个替换太慢了，发现seqkit有这个功能。 seqkit replace --ignore-case --kv-fi...
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基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）一、数据准备 首先，选取不同物种的Protein数据集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Dimocarpus_longan...
