行思言

我觉得处理任何事情，不仅要做到“知其然”，还要做到“知其所以然”。在做事情时，如果仅知道低头蛮干，不知道抬头看路；只知道跟着“牵牛绳”的方向，在鞭子的抽打下前进或停止，那么最...

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1.核酸，基因，DNA，染色体，基因组，同源染色体，等位基因 核酸，基因，DNA，染色体 核酸：一种通常位于细胞核内的大型生物分子，主要负责生物体遗传信息的携带和传递。核酸有...

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一、数据准备 首先，选取不同物种的Protein数据集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Dimocarpus_longan...

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在组装完成细胞器基因组之后，需要对基因进行注释。 推荐的网站有： Geseq：https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/geseq.html 可...

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写在前面 这大半个月我都在医院待着，确实无法做太多事情，于是选择看一些文献。选择的是目前开发最完善，且可以说是在IGV-GSAme【之前我改造的IGV版本】出现之前的唯一一款...

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前段时间，发表了一篇叶绿体基因组比较分析文章。尽管这类套路文已经不再热门，但在准备数据分析的过程中，仍感各种资料教程之零散，各种文章的做图工具也是令人眼花缭乱。故此，列出个人...

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叶绿体是绿色植物细胞中进行光合作用的细胞器，是世界上成本最低、创造物质财富最多的生物工厂。叶绿体基因组主要编码与光合作用密切相关的蛋白质，作为细胞内半自主性的细胞器，...

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--------------- Nickier 2018-12-21 --------------- samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。能够实现二进...

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2024年3月1日更新 推荐直接用最近的新软件PanDepth[https://github.com/HuiyangYu/PanDepth]，C语言写的，速度很快。 以下为旧...

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自己在研究生的第一个项目就是处理重测序数据，在做的过程中参考了很多资料，现在把整个重测序的上游分析流程分享给大家，一些关键环节已经帮大家踩过坑了，相信跟着学习实践一定能够收获...

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前几天，实验室的师弟师妹通过本地blast获取一些没有基因组注释物种的蛋白编码序列。原本以为可以快速地进行下一步的选择压力分析，没想到却在多序列比对这一环节出现了棘手的问题。...

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安装orthofinder 使用conda安装 安装软件前，先设置一个小环境，不要直接在自己账户的当前环境内安装软件；你可以创建很多小环境名，有的小环境坏了，你不要就可以了...

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注：图简单介绍 Proteomes：有三个物种，每个方框内的存在旁系同源(存在于一个物种中，因基因复制而被区分开，且功能发生改变)(图中体现为形状不一样)，不同方框之间存在直...